(Первая часть…) Вопрос о том, где и когда впервые появился «анатомически современный человек» считается одним из сложнейших вопросов современной науки. Действительно, читая академические статьи, посвященные этому вопросу, видишь, насколько редки факты и насколько противоречивы их трактовки. Причем трактовки меняются по нескольку раз на протяжении каждого года. Об этом было рассказано в первой части настоящей статьи.
 

 
Добросовестные авторы отличаются осторожностью в ответах на вопросы «где и когда», и после рассмотрения разных вариантов приходят к выводу, что ответа пока дать не могут. Это продолжается и в статьях 2016-2017 года. Авторы недобросовестные начинают свои статьи со слов «как известно, анатомически современный человек появился в Африке», или «как показано, вышел из Африки…», и дальше идет то же самое. В этой статье мы покажем, кого больше – добросовестных или недобросовестных, на примере статей, опубликованных в ведущих журналах в самое последнее время, в 2016-2017 гг.
 

Какие новые данные геномного анализа в отношении «выхода из Африки»

Перейдем к тому, какие новые данные в отношении «выхода из Африки» получены методами «широкогеномного анализа», на конкретных примерах последнего времени, а именно в 2016-2017 гг. Надо сказать, что в последнее время некоторые генетики стали осознавать, что противоречия в этом отношении нарастают, но другие продолжают некритично придерживаться прежних постулатов. Общим местом этих «других» является утверждение, что «современный человек вышел из Африки», именно в виде постулата.
 
Примером этого является выступление в конце 2016 года директора NIH, то есть министра здравоохранения США, под названием «Выход из Африки: анализ ДНК показывает, что выход был однократным». Надо упомянуть, что директор Коллинс был назначен на этот пост президентом Обамой и единогласно утвержден Конгрессом США, и новый президент Трамп попросил его пока не покидать этот пост. Две основные цитаты из выступления –
 
— «Предки всех людей прослеживаются в Африке»,
— «Мы все африканцы».

 
И далее директор переходит к тому, что в 2016 году опубликованы три важных исследования, два из которых сделаны по грантам NIH. В них проведен анализ 787 полных геномов, представляющих 280 популяций планеты, и было показано (по словам директора), что древнейшие люди вышли из Африки не менее 50 тысяч лет назад и разошлись по Евразии. Дальше директор, правда, сообщает, что новые исследования несколько различаются в своих выводах, но сходятся на том, что предки современных людей вышли из Африки однократно, «в результате единственного миграционного процесса», «и если выходили ранее, то следов от них в геномах современных людей нет».
 
Сейчас я перескажу то, как директор описывает (и видит) результаты этих исследований, а затем, в следующем разделе, изложу то, что эти исследования показывают на самом деле. Возможно, это поможет читателям увидеть принципиальную разницу между тем, как эти исследования подаются заинтересованными людьми, и что они на самом деле показывают. В этом зачастую гвоздь проблемы. Одни как мантру повторяют про «выход из Африки», и даже приводят фантазии, когда именно вышли, однократно или многократно, по какому пути шли, куда и когда пришли, но никогда честно не говорят, как это якобы было получено. Они не говорят, что это «интерпретации», вольный пересказ, фантазии, натяжки, подгонка, выдавание желаемого за действительное. Другие… а других практически нет. И в самом деле, зачем другим первых ловить за руку? Сами без грантов окажутся. Поэтому всё, что другие могут делать, это честно анализировать свои данные, показывать сложность вопроса, не критиковать первых, и вообще обходить вопрос о «выходе из Африки». Самое забавное, что когда работы вторых пересказывают в печати, то начинают с того (или заканчивают тем), что эти вторые якобы показали «выход из Африки». Вот так строится уродливая стена, окружающая «выход из Африки».
 
Я могу припомнить только три статьи в академической печати за последние пять лет, в которых было четко выражено и обосновано, что концепция «выхода из Африки» не имеет фактически никаких оснований, кроме фантазийных и нахрапистых. Все три статьи вышли в журнале Advances in Anthropology – первая статья вышла в 2012 году (Klyosov, Rozhanskii), вторая в 2013 году (Bednarik), и третья в 2014 году (Klyosov). Статьи не остались незамеченными, они были просмотрены (по данным журнала) соответственно 115418 раз, 17673 раз и 12400 раз, и их скачали 25787 раз, 6480 раз и 4500 раз (на начало марта 2017 года). Но цитировали их относительно мало – 17, 2 и 6 раз, соответственно. В общем, понятно, почему – все та же уродливая стена является причиной. Если цитировать – надо мысль развивать, а это в современной академической науке приветствоваться не будет. Ничего, подождем. Во всяком случае, ни одной негативной ссылки нет, никто не возражал.
 
Геномная статья первая

Возвращаемся к тому, что директор NIH описывает, как он видит результаты и выводы упомянутых трех статей. Итак, статья первая (Mallick и др., Nature, 2016), профинансированная грантом NIH в Гарвардскую медицинскую школу (ведущий автор – David Reich). Анализировали геномы 300 человек из 142 различных популяций по всей планете. По сообщению авторов, предки всех современных людей начали расходиться на различающиеся популяции еще 200 тысяч лет назад, и примерно 100 тысяч лет назад они уже имели «значительные генетические различия между собой». Напомним, что эти данные не для ископаемых ДНК, а для современных африканцев, то есть уже пошли интерпретации. Если же взять геномы современных людей за пределами Африки, то их генетические различия начинают проявляться примерно 50 тысяч лет назад. Авторы интерпретируют это так, что именно тогда произошел «выход из Африки». Разумеется, никаких гаплогрупп авторы не упоминают, так что носители какой именно гаплогруппы вышли из Африки так и осталось неизвестным. Напомню мой вывод, обоснованный выше в этой статье – никакой гаплогруппы ныне живущих людей, в Африке или нет, для этого не остается.
 
Мой комментарий – в принципе, датировку 50 тысяч лет для начала «генетического расхождения» неафриканцев можно сопоставить с данными рис. 3 в этой статье, согласно которому общий предок неафриканских по происхождению гаплогрупп жил примерно 63 тысячи лет назад, или с данными нашей статьи (Advances in Anthropology, 2012), что датировка общего предка неафриканских гаплогрупп составляет 64±6 тысяч лет назад. Но это вовсе не означает, что он вышел из Африки. Может быть много сценариев «бутылочного горлышка популяции» в те времена – падение метеора, извержение крупного вулкана, глобальное похолодание или другая катастрофа планетарного масштаба. Можно напомнить, что именно в те времена, 55-65 тысяч лет назад, Антарктида была засолена, то есть ее перехлестнула океанская волна, о чем свидетельствуют ионы натрия в кернах льда с такой датировкой. Авторы цитируемой статьи, заметим, получили дату «примерно 50 тысяч лет» для бутылочного горлышка неафриканских популяций, и решили, что это следствие «выхода из Африки». Других возможных вариантов не упоминали. Понимаете, в чем разница между данными и интерпретацией?
 
Далее директор упоминает о дебатах между генетиками в отношении того, когда должен был состояться «выход из Африки», чтобы потомки тех мигрантов-африканцев прибыли в Австралию и Новую Гвинею в те времена, которые оценивают антропологи, и что, по мнению некоторых дискутантов, выход из Африки должен был тогда состояться 120-130 тысяч лет назад, намного раньше заселения Евразии. По сообщению директора, данные Reich с коллегами не подтверждают таких ранних датировок выхода из Африки. Итог – в этой статье никаких данных о «выходе из Африки» нет. Ее обсуждение дается ниже.
 
Геномная статья вторая

Следующая статья, о которой рассказывает директор – это работа под руководством Eske Willerslev из Копенгагенского университета, Дания (под названием «Геномная история австралийских аборигенов», Malaspinas и др., Nature, 2016). Авторы провели анализ геномов 83 австралийских аборигенов и 25 папуасов, причем выборка достаточно равномерно покрывала и Австралию, и Новую Гвинею, и нашли, что эти популяции разделились 37 тысяч лет назад. Согласно пересказу директора, обе эти популяции вышли из Евразии примерно 58 тысяч лет назад, и это, по мнению директора (или авторов статьи) согласуется по времени с однократным «выходом из Африки».
 
Опять, обратим внимание на «интерпретацию». В том, что аборигены и папуасы вышли из Евразии 58 тысяч лет назад, никакой Африки нет, как и выхода из нее. Более того, в последнее время стало набирать популярность воззрение, что древнейшие люди появились на территории современного Китая, и к этому есть некоторые данные (см. ниже). Но у директора – установка, что надо притягивать выводы к Африке, что бузину в огороде непременно выращивает дядька из Киева. Замечаете, как «поддерживается» концепция «выхода из Африки»? Именно об этом я и писал выше – геном в отношении «выхода» данных не дает, и давать, видимо, не может. Это все «интерпретации», которым придается статус «факта», совместными усилиями. Так делается «широкогеномная» наука. Она же по сути попгенетика, только читателями неконтролируемая и неверифицируемая, там выводы проверены быть не могут, только если всю работу повторить заново, что, конечно, никто делать не будет. Статья тоже обсуждается ниже.
 
Геномная статья третья

Третья статья, о которой рассказывает директор, опубликована опять в Nature (Pagani и др.) под названием «Генетический анализ информирует о миграционных событиях в ходе заселения людьми Евразии». Она выполнена в значительной степени в Эстонском биоцентре в Тарту, и повествует об анализе 483 геномов из 125 популяций мира. Авторы опять обратили внимание на папуасов (модная нынче тема), и интерпретировали свои данные как показывающие, что был только один «выход из Африки», но заметили (интерпретировали), что по меньшей мере 2% генома папуасов может указывать еще на один, более древний выход из Африки. В изложении директора, авторы заключили, что предки современных людей жили вне Африки еще 75 тысяч лет назад.
 
Обсуждение упомянутых трех статей, как и других

Теперь посмотрим, насколько аккуратно директор пересказывал содержание статей. Начнем с первой, под началом David Reich из Гарварда, его фамилия – последняя среди 79 авторов статьи. Так обычно принято – первым стоит тот, кто статью пишет, последним – кто всем руководит.
 
Понятно, что директор не мог вникать в детали расчетов и в переходы от расчетов к интерпретациям. А дьявол, как давно известно, кроется в деталях. Откуда директору было знать, что авторы статьи использовали в расчетах величину константы скорости мутации, которую они некритично «рассчитали» по одной экспериментальной точке, да еще с допущениями? Взяли данные по геному усть-ишимского человека, которому была придана датировка 45 тысяч лет назад, а за поколение взяли – просто так – 27-31 год, и, понимая это, назвали соответствующий раздел 9.3 в Приложении к статье «Uncertainty in mutation rate and generation interval», то есть «Неопределенности в скорости мутаций и в продолжительности поколения», и действительно, рассматривали разные возможные величины скоростей снип-мутаций (в год на нуклеотидную пару) как 3.1-4.4⋅10-10, или 3.9-4.7⋅10-10, или 5.2-6.0⋅10-10, но в статье без всяких пояснений использовали величину 4.3⋅10-10. На самом деле максимально обоснованная в литературе величина константы скорости снип-мутации равна 8.2⋅10-10, то есть почти в два раза выше. Это означает, что авторы статьи завысили свои датировки почти в два раза. А на них статья во многом строилась – и когда популяции «начали расходиться», и какие датировки получались для «коалесценции к общим предковым популяциям». Никакого «выхода из Африки» в статье в самом деле не показано, это просто общие интерпретации.
 
В отношении австралийских аборигенов было уклончиво сказано, что «их предки вышли оттуда же, откуда и другие неафриканцы», и это же помещено именно в таком виде в Абстракт. В Абстракте про «выход из Африки» вообще ни слова нет, вместо этого слова, что африканцы «дивергировались», то есть расходились, видимо, в пределах Африки. Остальное – слова про «примеси» (admixtures) между разными популяциями, и про небольшие якобы примеси неандертальских и денисовских геномов в неафриканцах, особенно в Восточной Азии (4% и 3% соответственно). Но это не имеет отношения к теме настоящей статьи, там еще много нужно разбираться. Все это перемежается названиями компьютерных программ, которые были использованы при расчетах, как выясняется, с неверными константами скоростей мутаций. Статья, как принято у «широкогеномных попгенетиков» написана крайне небрежно и запутанно, например, сообщается о том, что у неафриканцев наблюдается «бутылочное горлышко» популяции с датировкой 40-60 тысяч лет назад, но это дается со ссылкой на вдвое заниженную константу скорости мутации, что должно приводить к датировке в 20-30 тысяч лет назад, совершенно нереальной и неверной. Но при этом сообщается, что это «совместимо с археологическими свидетельствами распространения современных людей в Евразию в этот период». Никаких ссылок на источники при этом не дается, что за «археологические свидетельства» – непонятно, таких вообще в природе нет. Вот такая наука.
 
В отношении «отделения австралийских аборигенов и папуасов от других популяций» авторы сообщают, что они скептически относятся к соответствующим датировкам, потому что они обнаружили, что они, датировки, зависят от того, какой метод расчета используется, и какие скорости мутации применяются. Вот такая наука. Итог – никаких новых или каких-либо других данных по «выходу из Африки» в статье Reich и др. (2016) нет.
 
Вторая работа в списке из трех, которую пересказал директор (Malaspinas и др., 2016), имеет 75 авторов, последним опять стоит начальник, Eske Willerslev. В своем основном выводе статья более прямолинейна, чем осторожный пересказ директора. Если директор сообщает, что предковая популяция австралийских аборигенов и папуасов вышла из Евразии примерно 58 тысяч лет назад, что «согласуется» по времени с однократным «выходом из Африки», то сама статья формулирует (начиная с Абстракта) – «австралийские аборигены и папуасы отделились евразийцев 51-72 тысячи лет назад, что последовало за однократным распространением из Африки». Как обычно, изложение «широкогеномных» попгенетиков косноязычно, и из приведенного пассажа неясно, что последовало «за однократным распространением из Африки» – отделение от евразийцев? Или, может быть, заселение Евразии потомками африканцев?
 
Ну да ладно, хотя при чтении «широкогеномных» статей складывается устойчивое впечатление, что автор текста (обычно это бывает один из всего авторского коллектива) намеренно выражается неясно, запутанно, косноязычно, поскольку сам не знает, как там оно было, и заметает следы. Или пытается сохранить максимальные возможности к дезавуации, если такая формулировка кому-то представится более мягкой. Не будем ловить авторов статьи по всему тексту, там этих косноязычий и неопределенностей масса, сосредоточимся на датировках и «выходе из Африки», как это там было показано. Кстати, повторю опять, что если бы авторы рассматривали гаплогруппы мигрантов и их потомков, которые нетрудно выявить из «широкогеномных данных», как и гаплотипы любой протяженности, описание было бы несравненно более определенным. Но в задачи «широкогеномных» определенность не входит, иначе основные положения сразу рассыпались бы. Так, у папуасов (Папуа-Новая Гвинея) основной гаплогруппой является М (от трети до двух третей мужского населения, остальное – набор минорных по количеству гаплогрупп) (Mona и др., 2007), там проживают 1.2-2.4 миллиона носителей гаплогруппы М. А вот в довольно большой выборке из 657 австралийских аборигенов гаплогруппу М нашли всего у шести человек, что составляет 0.9% от всех (Nagle и др., 2015). У австралийских аборигенов широко представлена гаплогруппа С, а именно С1b2b-M347 (Nagle и др., 2015). Если бы авторы «широкогеномной» статьи рассмотрели гаплогруппы Y-хромосомы, им пришлось бы объяснять, что за «общие предки» папуасов и австралийских аборигенов, и какая гаплогруппа у них была, и выводы статьи определенно поехали бы в другую сторону.
 
Там на самом деле ситуация еще хуже, потому что в процитированной статье (Nagle и др., 2015) сообщалось, что при изучении гаплогрупп австралийских аборигенов более половины аборигенов были признаны «ненастоящими», их гаплогруппы оказались «пришлыми», причем относительно недавно. Интересно, геномы каких аборигенов изучались авторами «широкогеномной» статьи, «настоящих» или «недавно пришлых»? А вот, сами авторы пишут – «геномы австралийских аборигенов представляют в основном смесь с европейскими». Но как это повлияло на выводы и датировки авторов? На интерпретацию об «однократном выходе из Африки»? В их методологиях так много подводных камней и течений, что относиться к их результатам и выводам можно только с изрядной долей скептицизма, и само изложение ими текстов статей это только усиливает. Как можно в такой ситуации уклоняться от приведения гаплогрупп и гаплотипов – можно только удивляться. Это уже не ошибка, не недосмотр, это – научное преступление.
 
В этой связи будет уместным упомянуть, что несколько месяцев назад состоялся продолжительный разговор между мной и Eske Willerslev, руководителем цитируемой «широкогеномной статьи». Основной вопрос, который я поставил перед Эске, был именно в том, почему «широкогеномные» не приводят и не обсуждают гаплогруппы и гаплотипы объектов своих исследований? И я привел в качестве нескольких примеров явные «проколы» их геномных исследований – и по «мальчику из Мальты», родственников которого совершенно безосновательно «отправили» в Америку, и по «индоевропейцам» ямной культуры, и по «фермерам» Ближнего Востока и Ирана, которых столь же безосновательно отправили в евразийские степи, и по ариям Индостана, прибытия которых «широкогеномным» так и не удалось ни датировать, ни сколько-нибудь внятно описать. И я привел Эске совершенно простые аргументы, как заиграли бы «широкогеномные» работы, и как их выводы стали бы аргументированы, если бы они вытащили из своих же данных гаплотипы и гаплогруппы.
 
В ходе разговора, точнее, в самом его начале, выяснилось, что Эске имеет совершенно приблизительное понятие о гаплогруппах Y-хромосомы. Если точнее, то не более, чем «слышал» о них. Он постоянно называл их в ходе разговора «митохондриальными». Пришлось объяснять. Когда понял, Эске пришел в восторг, и сказал, что это надо непременно сделать, и пообещал дать команду своим сотрудникам выявить гаплогруппы и гаплотипы по тем же геномным данным, что у них есть, и выслать мне для рассмотрения и анализа. Договорились через три недели встретиться уже коллективом, с его сотрудниками, и обсудить полученные данные. Через некоторое время от Эске пришло сообщение, что он посоветовался с сотрудниками, и они его убедили, что ничего этого делать не надо. Гаплотипы и гаплогруппы не нужны. На этом общение прекратилось.
 
Меня это нисколько не удивило. Выше я уже приводил поговорку – «меньше знаешь, лучше спишь». И в самом деле, совершенно очевидно, что с гаплогруппами и гаплотипами в руках станет совершенно ясно, что многие полученные ранее данные и выводы нужно пересматривать и, скорее всего, снимать, статьи отзывать. И станет очевидно, что данные по гаплогруппам и гаплотипам во многих случаях намного информативнее и точнее, чем данные «широкогеномного» анализа. А лучше всего – эти данные анализировать вместе, в совокупности, в синергизме, так сказать. Но это в корне поменяет методологию «широкогеномных», а зачем это им? История с попгенетикой повторяется. Это уже не наука, это ментальность тех, кому «нэ трэба».
 
Но возвращаемся к статье Willerslev и др. (Malaspinas и др., 2016), и поинтересуемся, как именно там показано, что был «однократный выход из Африки». С остальным мы уже практически разобрались выше. Статья начинается с серии противоречий, натяжек и неверных заявлений, что опять же обычное дело для «геномных» статей. Сообщается, что Сахул (древний единый континент, объединяющий современные Австралию, Тасманию и Новую Гвинею) заселился (опять используется уклончивый термин – не прямой «заселился», populated, а settled, что может означать «устоялся», и относиться к разделению Сахула на территориальные части) 47-55 тысяч лет назад.
 
Мое примечание – это могла произойти в результате глобальной катастрофы, связанный с падением метеора в Тихий океан более 50-60 тысяч лет назад, о чем упоминалось выше. Но тогда маловероятно, что люди там выжили, и это могло быть причиной прохождения человечеством, во всяком случае, неафриканским, «бутылочного горлышка» популяции 64±6 тысяч лет назад (см. выше).
 
Далее в статье сообщается о гипотезе, высказанной в 1994 году, что предки папуасов и австралийских аборигенов покинули Африку ранее, чем предки современных евразийцев, что это основывается на данных археологии и по ископаемым костным останкам, и дается ссылка (Lahr и др., 1994). На самом деле статья по ссылке дискуссионная, своих данных там нет, рассуждения уклончивые, в частности, о том, что из Африки были скорее многократные «выходы» человека, что модель «выхода из Африки» противоречива и страдает отсутствием конкретных данных, что с ней имеются проблемы, а в заключении статьи говорится «мы полагаем, что модель «выхода из Африки» не объясняет хронологическую и географическую картину диверсификации (человека)». В отношении Австралии и Меланезии в статье 1994 года имеется всего один абзац, в котором про Евразию вообще ничего нет, так что цитата в «геномной» работе искажена. Но это для «геномных» статей обычное дело, в них цитаты, данные, выводы обычно подгоняются под ту концепцию, которая в данное время нужна.
 
Что же есть в статье 1994 года про Австралию? Что первые примитивные каменные изделия там найдены с датировкой 60 тысяч лет назад, затем имеется разрыв в находках на протяжении 20 тысяч лет, и начиная с 40 тысяч лет назад число археологических находок и мест быстро распространяется по Австралии. Возможно, пишут авторы, что это отражает прибытие людей в Австралию со стороны. Как мы видим, авторы «геномной» статьи (2016) сочиняют, что якобы цитируемая ими статья говорит, что будущие австралийские аборигены и папуасы прибыли туда еще ранее того, чем другие прибыли в Евразию. К тому же еще в 2015 году вышла статья, в которой детально описаны находки древнего человека на территории современного Китая не позднее 80 тысяч лет назад (Liu и др., 2015). Мы к ней вернемся позже. Она полностью перечеркивает фантазии «широкогеномных» и о «выходе из Африки современного человека» 50-60-70 тысяч лет назад, и о заселении Австралии раньше, чем Евразии, и… да, собственно, из их основных выводов ничего не остается, а их данные, как впрочем и так ясно, просто подогнаны под заданные выводы.
 
Так все же, как в «широкогеномной» статье показано, что был «однократный выход из Африки», и когда он был? А никак не показано, это они тоже придумали, а директор повторил, не разбираясь. На самом деле показывали не наличие «выхода из Африки», а взаимоотношение «генома австралийских аборигенов» с «евразийским геномом», вычитая из них «африканский геном» или «усть-ишимский геном». При этом полученные после вычитания данные «предположили» (suggested) (как пишут авторы), что «африканский и усть-ишимский геномы ближе к евразийцам, чем к австралийским аборигенам». После этого тут же, следующей фразой в статье, делается перескок к положению – «эти данные согласуются с тем, что предки евразийцев и австрало-папуасов вышли из Африки двумя независимыми волнами». Как «согласуются», почему, на каком основании – ответа нет, ссылок на расчеты нет, просто фраза. И затем уточняется – «Однако, когда проведена корректировка на небольшое количество примеси от денисовцев, тогда (современные) австралийцы-аборигены и евроазиаты оказываются одинаково близко к (древнему, 45 тысяч лет назад) усть-ишимцу, что ожидается в случае сценария однократного «выхода из Африки». Замечательно, не так ли? А для однократного (или любого другого) выхода из Китая, например, не «ожидается»? Или с Кавказа? Или с Ближнего Востока? Или из Сибири? Или из Малаховки? Или, не к ночи будет сказано, от древних укров не ожидается?
 
Вот и все «доказательство» выхода из Африки. Такая у них наука. Формулируется желаемый ответ, и по него подгоняется. Теперь о том, когда этот «выход» якобы произошел. О, это акробатика. В одном действии (которое, правда, воспроизвести и проверить невозможно) определяют и датировки, и число выходов (один был, или несколько). В данном случае определяли время и число не просто «выходов из Африки», а именно направленных в сторону папуасов-австралийцев. Как делятся авторы, «we used the observed SFS in a model-based composite likelihood framework», что само по себе смысла в переводе (да и в оригинале) не имеет, это набор кодовых слов-сокращений, а по сути формализованная компьютерная обработка данных, пока опробованная только на «расхождении внутри-африканских популяций», типа йоруба и сан, дается ссылка (Excoffier и др., 2013). Ну, получили авторы в цитируемой статье, что йоруба и сан разделились «больше 110 тысяч лет назад», и вынесли в Абстракт, но это не проверка метода. Получили бы 50 тысяч лет, или 200 тысяч лет, тоже бы вынесли в Абстракт. Проверяют на том, что получено независимыми методами, но это же популяционная генетика, вы что хотите?
 
В итоге авторы «геномной» статьи (2016) заключили, что «потока генов из Африки в Евразию больше не было после однократного выхода (анатомически современного человека) из Африки». При этом сначала опять получили, что было два «выхода» (правда, потому, что в расчеты закладывали только два варианта – один выход или два, но вот чтобы не было ни одного – не закладывали, а стоило было, наверняка получили бы самые надежные данные), и что в Австралию мигранты пришли на 14 тысяч лет раньше, чем в Евразию, а потом вычли вклады неандертальца и денисовца, и получили, что был только один «выход», 72 тысячи лет назад. При этом, как водится, из набора снипов при расчетах вычитали геном шимпанзе из зоопарка, не указывая, что надо было вычитать не из зоопарка, а того, кто был общим предком будущих шимпанзе и человека (генома такого пока нет), и того, что у того, из зоопарка, имеется примерно 464 тысячи лишних мутаций по сравнению с тем, кто жил пять миллионов лет назад (Клёсов А.А. Ваша ДНК-генеалогия, 2016, стр. 22), и все эти сотни тысяч лишних мутаций автоматически вычитаются из геномов при расчетах авторами «широкогеномной» статьи.
 
Вполне возможно, что в результате такого безумного вычитания неучтенных сотен тысяч снипов и появляются в наших предках и неандерталец, и денисовец, и кто угодно, потому что так делать нельзя. Но проверить это, повторяю, невозможно, нужно всю работу переделывать заново (получится, конечно, уже нечто совсем другое), но кто этим будет заниматься? Это же не ДНК-генеалогия, которую из-за ее прозрачности возненавидели попгенетики. У нас записывается серия гаплотипов, это максимум (пока) 111 чисел в каждом, определяется базовый гаплотип (можно определять вручную или автоматически, на калькуляторе Килина-Клёсова), подсчитывается число мутаций в гаплотипах (опять, или вручную или автоматически), делится на число гаплотипов и на табличную константу скорости мутации. Все это можно делать вручную или автоматически, все легко проверяется и контролируется. И получается ответ, когда жил общий предок серии гаплотипов. А гаплогруппы-субклады показывают, есть ли между группами гаплотипов наследственная связь, и часто легко определить, кто в какую сторону шел. Вот так и показано, буквально в один ход, что гаплогруппа В из гаплогруппы А никак не могла возникнуть, хотя попгенетики твердили об этом десятилетиями. А основная австралийская гаплогруппа С1 никак не могла выйти из Африки, хоть ее пытай. Да и никакая другая гаплогруппа не могла, чтобы она была в Y-хромосомах наших современников. А «вышла, упала, очнулась, гипс» – таких историй можно придумать сколько угодно, только их общенаучный принцип Оккама запрещает – «не привносить лишних сущностей».
 
Так что и вторая «широкогеномная» статья, о которой рассказывал директор, который выдавал для нее гранты, тоже в отношении «выхода из Африки» оказалась пустышкой. Гранты – дело хорошее, в том числе и для «широкогеномных», пусть науку развивают, но только желательно не такую науку. Не ангажированную, не выдавая желаемое за действительное, не манипулируя и не подгоняя данные, результаты, выводы.
 
Взглянем теперь на третью статью, которую описывал директор NIH, хотя гранта на нее не выдал. Но всё равно был впечатлен. Напомню, что эта работа была инициирована в Эстонском биоцентре в Тарту, и хотя в статье 98 соавторов из 74 организаций, 22 автора так или иначе связаны с эстонскими учреждениями, и включают президента Эстонской Академии наук. Впрочем, все статьи эстонских генетиков его включают. Эстонские авторы заняли почетные последние места в списке авторов, оттеснив даже Eske Willerslev и испортив ему традиционное последнее место. Итак, они тоже объявили, что данные статьи показывают, что был «только один выход из Африки». Посмотрим, как они это показывали.
 
Статья является, наверное, наиболее запутанной и «вязкой» из всех, что мне приходилось читать. Возможно, что ее писали (или исправляли) все 98 соавторов, каждый со своим стилем, но в тексте частят нестыкуемые в смысловом отношении фразы, положения, противоречащие друг другу, или настолько уклончивые, что проследить смысл практически невозможно. В статье и приложениях около сотни раз повторено слово «гаплотип», но ни в одном случае определения не дано, хотя определения у этого понятия разные в разных контекстах. Например, у генетиков «гаплотип», он же «гаплоидный генотип» – это группа генов, которые наследуются от одного родителя. В ДНК-генеалогии «гаплотип» – это совокупность аллелей, то есть определенных повторов в маркерах Y-хромосомы, генов там нет (кроме пары редких, экзотических случаев мультимаркерных аллелей). В популяционной генетике используется подобное определение, только вместо «маркеры» они обычно говорят «локусы». Так вот, в цитируемой статье авторы оперируют «гаплотипами» в смысле, видимо, «группы генов», но почему-то относят «более короткие гаплотипы» в геномах папуасов и филиппинских негрито к «африканским», хотя видят те же «гаплотипы» «в других неафриканских популяциях», и пояснений не дают, кроме того, что у первых «они более короткие». Этим «гаплотипам» они приписывают свои «скорости мутации», у всех разные, и строят бесконечные графики, и так по всей статье.
 
Вводят термин xOoA, что означает выродившуюся, исчезнувшую линию первых «вышедших из Африки», по мнению авторов, образовавшуюся в Африке после расхождения между «современными людьми и неандертальцами». То, что во время этого расхождения, 400-600 тысяч лет назад, «современных людей» не было, авторов не беспокоит, они про это и не упоминают. Но на этом «основании» все скелетные остатки «анатомически современного человека», найденные вне Африки с датировками ранее 75 тысяч лет назад, относят к потомкам «вышедших из Африки». А знаете, почему именно 75 тысяч лет? Потому что перед подачей их статьи в печать вышла статья китайских авторов (Liu и др., 2015), описывающих находку Homo sapiens в Китае с датировкой не позднее 80 тысяч лет назад. «Широкогеномная» статья (Pagani и др., 2016) тут же ее цитирует, и сообщает, что тот Homo sapiens «вышел из Африки», хотя китайские авторы Африку в такой связи вовсе не упоминают, а напротив, полагают, что древнейший Homo sapiens произошел в южном Китае. Датировку же они для своей находки дают между 80 и 120 тысяч лет назад.
 
Понимаете, какая мука читать эти вязкие, маловразумительные статьи, в которых идут постоянные жонглирования с данными и предположениями, тут же выдаваемыми за выводы? И это в статье, в которой 98 авторов. Датировку китайской находки костных останков Homo sapiens в 120 тысяч лет назад они, 98 авторов, объявляют, что это следы «вышедших из Африки», которые потом вымерли, причем эта «гипотетическая линия вышла из Африки примерно 120 тысяч лет назад». Почему вымерли – а потому, что «генетический анализ показывает, что из Африки был только один «выход». Всё, круг замкнулся.
 
Есть и еще забавные пассы – в заключении к третьей статье «широкогеномные» авторы (2016) пишут, что древнейший «выход из Африки» 120 тысяч лет назад (тот самый выход xOoA по терминологии авторов) «согласуется с археологическими находками и ископаемыми костными останками, свидетельствующими о раннем выходе H. sapiens из Африки», и дают ссылку на ту же китайскую работу, в которой вместо «выхода из Африки» говорится про возникновение Homo sapiens в Южном Китае. Но такие манипуляции «широкогеномных» удивления тоже не вызывают, мы уже привыкли. Вот еще пример – «широкогеномные» авторы цитируют, что на Алтае нашли якобы свидетельства смешивания (admixture) «анатомически современного человека и неандертальца ранее 100 тысяч лет назад» (сылка на статью Kuhlwilm и др., 2016), и тут же сообщают (в заключении к статье), что это произошло «заметно ранее основного выхода из Африки 75 тысяч лет назад». Как и то заявление «широкогеномных» авторов (Pagani и др., 2016), что «высокое геномное сходство между папуасами и алтайским неандертальцем может отражать то, что у них присутствует обобщенный xOoA компонент». Каждое лыко в строку. То, что если «компонент» может быть китайским или любым другим, источник которого пока не обнаружен, «широкогеномным» в голову не приходит. Сказано в морг, значит в морг.
 
Так вот, никаких других свидетельств, и тем более доказательств «выхода из Африки» в статье (Pagani и др., 2016) нет. Все манипуляции происходят на уровне декларируемого «сходства гаплотипов», получаемых многоэтажными сложениями, вычитаниями, искажениями цитат, причем уровень манипуляций впечатляет – находят «сходство» в геноме папуаса и евразийца, и тут же утверждают, что у евразийца – от африканца, просто по определению, значит, и у папуаса от африканца. Такая у них наука.
 
Ранний Homo sapiens в южном Китае

Мы дошли до важной (по признанию в литературе) статьи под названием «Самые ранние без сомнения современные люди в южном Китае» (Liu и др., 2015). Здесь словосочетание «современные люди» не должно смущать, типа какие же «современные» 80-120 тысяч лет назад? «Современные» здесь – это от клише «анатомически современные люди», то есть обладающие принципиальными антропологическими оcобенностями Homo sapiens. Людей (Homo) с выраженными или заметными архаичными признаками к Homo sapiens обычно не относят, или относят с разными оговорками, в зависимости от степени выраженности этих признаков. Поскольку у скелетов часто отсутствуют лицевые кости, то отнесение к «анатомически современным» нередко затруднено, чем и пользуются многие охочие до манипуляций специалисты. Иногда отнесение производится по зубам, как в статье Liu и др. (2015), поэтому китайские авторы уделили этому особое внимание.
 
Эта статья не является геномной, она антропологическая, поэтому мы просто кратко перескажем ее суть. Дело в том, что в юго-восточной Азии находки древних людей с датировками ранее 45 тысяч лет назад крайне редки, поэтому этот регион был практически списан попгенетиками со счета в отношении происхождения «анатомически современного человека», и все внимание ими было уделено Африке. Эти же датировки, 45 тысяч лет назад, пока являются предельными и для Европы (западной и восточной) и для западной Сибири (усть-ишимский человек, Тюменская область). И вдруг как гром среди ясного неба прогремели данные о находке в южном Китае (Фуянская пещера) 47 зубов человека с датировками в интервале 80-120 тысяч лет назад, причем человека определенно вида Homo sapiens, не архаичного (по морфологии зубов), а что ни на есть современного по зубной антропологии. Это – намного ранее, чем в Леванте и Европе. Авторы работы выдвинули предположение, что Homo sapiens появился в южном Китае. По принятым в науке критериям спорить с этим бесполезно; чтобы возражать, надо представлять более убедительные данные. Что показательно, в статье китайских авторов вообще ничего не говорится о «выходе из Африки», и последняя концепция зашаталась.
 
Разумеется, активисты «выхода из Африки» бросились подставлять подпорки в свою «теорию». Мы уже видели выше, как «широкогеномные» попгенетики тут же разработали модифицированную концепцию, что «выход из Африки» произошел ранее, чем предлагавшиеся ранее 70 тысяч лет назад (которые тоже не были определены расчетами, опять просто взяты с потолка), и хотя ДНК из зубов Фуянской пещеры еще никто не изучал, но уже настойчиво предполагается, что они «африканские» по происхождению. Оперативно вышла короткая статья-обсуждение (под названием «Homo sapiens в Китае 80 тысяч лет назад») в журнале Nature (Dennell, 2015), которая уже в первой фразе сообщает, что человек вышел из Африки и прошел в миграции по Южной Азии, но дебаты ведутся не об этом, а о том, когда он вышел. Замечаете, что датировка 120 тысяч лет назад в названии статьи уже отсутствует? И дальше идет обсуждение в том ключе, что «большинство исследователей согласны в том, что наш вид впервые возник в Восточной Африке 190-160 тысяч лет назад, и затем распространился в восточное Средиземноморье между 100 и 60 тысяч лет назад». В эту же концепцию автор пересказа монтирует последние китайские данные, хотя они в своей статье про «выход из Африки» не упоминают. И это очень показательно – концепция «выход из Африки» стала религией либеральной интеллигенции, и они будут ее защищать до последнего любыми методами, в том числе (и в первую очередь) методами неэтичными, недостойными.
 
Другие статьи

Из многих статей, в которых рассматриваются Y-хромосомные данные африканцев и неафриканцев (для 1244 человек из 26 популяций по всей планете, по данным «Проекта 1000 геномов») есть, наверное, только одна, в которой авторы не упомянули «выход из Африки» (Poznik и др., 2016). Хотя в статье 42 автора, но в авторах нет ни Reich из Гарварда, ни Wellerslev из Дании, и авторский коллектив совершенно другой, чем у первых двух. Не исключено, что мы видим некое несогласие, или даже раскол между крупными авторскими коллективами в отношении концепции «выхода из Африки». Разница есть и в том, что в работе (Poznik и др.) изучали Y-хромосому, а не «широкий геном» поперек всех хромосом, как в двух других коллективах, что делает исследование более конкретным и четким. Есть еще одна особенность исследования Позника с коллективом – они подчеркнули неафриканское происхождение гаплогруппы Е, о чем, кстати, давно сообщалось в наших статьях (начиная с Klyosov & Rozhanskii, 2012, Advances in Anthropology), опять выступив в противовес не только «широкогеномным» попгенетикам (например, Lazaridis и др., 2016), но и справочному материалу ISOGG-2017, в которых традиционно, на протяжении более десяти лет, сообщают об африканском происхождении гаплогруппы Е, причем, как принято у попгенетиков, главным аргументом выдвигается «высокая концентрация и разнообразие субкладов гаплогруппы Е в северной Африке», ссылка. Позник с соавторами пишут более определенно – содержание гаплогруппы Е в Африке высокое, но происхождение неафриканское.
 
Взглянем на несколько недавних статей, в которых рассматривается «выход из Африки», но без приведения геномных данных. Некоторые статьи новых данных вообще не приводят, но начинают изложение со стандартной фразы «человека вышел из Африки и заселил мир» (как, например, Demenocal & Stringer, Nature, 2016). Есть статьи более осмысленные, например, статья шведского автора (Arnason, 2016) в журнале Gene, посвященная критическому рассмотрению текущей ситуации с «выходом из Африки». Основное ее положение – что в недавние годы появились новые палеонтологические данные о ранних представителях вида Homo в разных регионах мира, включая данные о денисовцах, неандертальцах, находки китайских авторов (Liu и др., 2015), которые не согласуются с концепцией «выхода из Африки». Центр тяжести гипотезы о регионе происхождения Homo sapiens, по мнению автора, стал перемещаться в Евразию. В заключении своей статьи (Arnason, 2016) пишет – «Геномные и палеонтологические данные показывают, что расхождение предков современных людей и неандертальцев могло произойти в Азии», и далее «эти данные делают допущения, лежащие в основе «выхода из Африки» в высшей степени проблематичными», в частности, потому что «у «выхода из Африки» нет доказательств такого уровня, какие есть у генетики и палеонтологии евразийских находок».
 
Этой статье вторит работа Groucutt и др. (2015) под названием «Пересмотр распространения Homo sapiens из Африки», авторы которой пишут – «Находки в южной Азии имеют потенциал радикально трансформировать наше понимание этого распространения», хотя начинают статью с того, что «современные ископаемые костные останки, генетические и археологические данные указывают, что Homo sapiens образовался в Африке». Но статья далее переходит к обсуждению слабых мест этой концепции, перечисляя «неопределенности в хронологии» и «характере выхода из Африки», в частности наиболее часто повторяемой датировки «выхода» 50±10 тысяч лет назад (цитируются обзоры 2007, 2009, 2013 гг., содержащие совокупное рассмотрение основных данных, составляющих основу «концепции»), а также о фактическом отсутствии данных по «продолжению» миграционного пути, культурных и биологических признаков «вышедших из Африки». Действительно, таких данных нет, это практически все фантазии, призванные заполнить разрыв между «вышедшими из Африки» и «пришедшими» в Европу, Азию, Австралию. Выше в этой моей статье уже сообщалось, что есть подобный разрыв и в отношении Y-хромосомных гаплогрупп, в Африке одни «свои» гаплогруппы, за пределами Африки они уже другие, причем не выводящиеся из «африканских». Из известных «африканских» гаплогрупп (группы А), обнаруженных в Африке, не выводится ни гаплогруппа В, и никакие другие гаплогруппы. Из гаплогруппы В, которая по происхождению не может быть причислена к «африканским», хотя сейчас в Африке встречается (как, впрочем, и многие другие гаплогруппы, «перебравшиеся» в Африку), тоже не выводятся другие гаплогруппы, так что даже предполагаемое помещение гаплогруппы В по происхождению в Африку ничего в этом отношении не изменит.
 
Статья Groucutt и др. (2015) не содержит геномных данных или вообще своих данных, она представляет собой обзор данных, уже давно, как правило, имеющихся в научном обороте. Но показательно, что при изложении старых догм и воззрений антропологии (сам журнал носит название Evolutionary Anthropology, то есть «Эволюционная антропология»), даже единичный новый факт, а именно находка в Китае костных останков (зубов) с датировкой 80-120 тысяч лет назад, заставляет авторов усомниться в положении устоявшихся представлений. Это весьма характерно для всей конструкции «выхода из Африки», которая стоит на шаткой, в основном надуманной основе, скрепленной натяжками и голыми предположениями, которым уже более двадцати лет настойчиво придается статус «фактов». В науке есть довольно четкое понимание, где натяжки, а где надежные обоснования, и для различения этих понятий есть многократно выверенный критерий – если каждый новый факт, находка, новая интерпретация сотрясают концепцию и бросают многих специалистов к ее пересмотру, то эта «концепция» строится на натяжках и сомнительных положениях. Особенно если «концепция» имеет сильную идеологическую компоненту. Именно такой является «выход человечества из Африки».
 
Аналогичный по сути обзор данных по «широкогеномным» данным написал и коллектив авторов, который опять возглавил Eske Willerslev из Дании, в статье уже 2017 года (Nielsen и др., Nature). Все авторы в статье являются ведущими популяционными генетиками мира, которые на протяжении последних 30 лет поддерживали концепцию «выхода из Африки» разнообразными подпорками и натяжками, поэтому трудно было бы ожидать от них пересмотра своих взглядов, точнее, убеждений. Так получилось и на этот раз. Уже в Абстракте обзора они перечисляют «прорывы», совершенные в науке о происхождении человека, в особенности, на их взгляд, о генном смешивании (interbreeding) «анатомически современного человека» и «исчезнувшими гомининами», и о «более детальном описании выхода современных людей из Африки и их распространении по планете».
 
Мой комментарий – как уже ясно из моей стати выше, это «фейковые новости», говоря трендовыми словами Трампа. Вязкие и уклончивые описания результатов «геномных исследований» объявляются в статье (2017) «прямыми проверками теорий происхождения человека», «принятием ранее выдвинутой гипотезы “выхода человека из Африки”», «подтвержением ранее выдвинутых мейнстримных теорий». В статье опять повторяется старое заблуждение, что «максимальное генетическое разнообразие человека в Африке» якобы подтверждает, что человек зародился в Африке и оттуда заселил всю Землю. Это заблуждение уже обсуждалось выше. То, что авторы специально отмечают «самый глубокий генетический раскол между группами населения в южной Африке» не имеет никакого отношения к «выходу из Африки». Например, между гаплогруппами А00 и А0 в Африке действительно имеется очень глубокий «раскол», он показывает, что их общий предок жил примерно 217 тысяч лет назад (Kilin & Klyosov, Advances in Anthropology, 2016), но ни та, ни другая гаплогруппа из Африки не выходили, и обе являются «тупиковыми» в том отношении, что никакие другие гаплогруппы, в том числе и неафриканские, от них образоваться не могли. Вызывает сожаление, что крупные популяционные генетики, «геномные» или нет, не могут или не хотят разобраться в базовых вопросах происхождения человека. Они пишут «точное происхождение анатомически современного человека в Африке остается неизвестным», но термин «точное» в сочетании с дальнейшим «в Африке» может вызвать только снисходительную улыбку. Сон разума порождает чудовищ, как давно было сказано. Здесь чудовищно то, что специалисты (которые, как опять же известно, подобны флюсу) загоняют себя в такие догмы, из которых выхода для них просто нет. Но это для них. Наука отряхнет с себя эту шелуху типа «выход из Африки» и двинется дальше.
 
В заключение упомяну про короткое сообщение на «Ленте.ru» под названием «Стали известны подробности расселения первых людей из Африки», вышедшее 9 марта 2017 года. Вообще-то популярные сообщения подобного рода я не читаю, поскольку буквально ни одного правдивого не встречал. Всегда набор искажений исходного источника. Но эту заметку прислали, спросив, что я об этом думаю. Ну что я могу думать, когда никаких «подробностей первого расселения первых людей из Африки» в заметке нет, как, впрочем, нет и в исходном источнике (Tobler, Nature, 2017). Про «подробности» – это Лента.ru сама придумала. Более того, слово «Африка» появилось в заметке только один раз, и это самое последнее слово в самом последнем предложении статьи, цитирую – «Австралийцы, таким образом, были одними из первых поселенцев за пределами Африки». Там же заметка сообщает, что «первые люди достигли территории современной Австралии примерно 50 тысяч лет назад», и что «в Евразии (точнее, Азии) современный человек появился 47-65 тысяч лет назад». Все видят нестыковку? В Азии, стало быть 47-65 тысяч лет назад, а в Австралии, где были «первые поселенцы за пределами Африки», примерно 50 тысяч лет назад, то есть заметно позже, чем в Азии. То, что еще два года назад (в 2015) было опубликовано, что в Азии (Южном Китае) человек современного типа появился еще 80-120 тысяч лет назад (см. выше в настоящей статье), авторами заметки вообще проигнорировано. Но самое забавное в том, что слова «Африка» в исходной статье в Nature вообще не было, ни разу. Но взгляните еще раз на название заметки.
 
Вот почему я не читаю подобные «научно-популярные» заметки. В данном случае – про якобы «расселение первых людей за пределами Африки». Вот так «Lenta.ru» распространяет ложную информацию в «научно-популярном» виде.
 
Анатолий А. Клёсов,
доктор химических наук, профессор
 
Перейти к авторской колонке
 

Понравилась статья? Поделитесь ссылкой с друзьями!

Опубликовать в Google Plus
Опубликовать в LiveJournal
Опубликовать в Мой Мир
Опубликовать в Одноклассники

Читайте другие статьи на Переформате:

37 комментариев: Что там нового о «выходе человечества из Африки»? (часть 2)

  • Евгений говорит:

    Спасибо за статью. Только Усть-Ишим — село в Омской области, а не Тюменской.

  • И. Рожанский говорит:

    >> Взяли данные по геному усть-ишимского человека… На самом деле максимально обоснованная в литературе величина константы скорости снип-мутации равна 8.2⋅10-10, то есть почти в два раза выше.
     
    Если авторы статьи и напутали со скоростями снип-мутаций, то отнюдь не в 2 раза. Дело в том, что скорость 8.2⋅10-10 относится к Y-хромосоме, которая мутирует существенно быстрее остальных хромосом. Если вспомните свою совместную статью с Э. Эльхаиком, то в ней разбирается ситуация, когда авторы публикации о гапплогруппе А00 в 1,5 раза завысили датировку расхождения гаплогрупп А00 и А0-Т как раз потому, что использовали константу скорости мутаций для диплоидных хромосом. Если Райх с соавторами обрабатывали геномные данные, то и скорость мутаций должны были калибровать по полным геномам. Насколько корректно они провели калибровку, это уже отдельный вопрос.
     
    Характерная датировка в 50 тысяч лет, что они получили, – это отнюдь не фантом. Она хорошо просматривается, например, на дереве Y-хромосомных гаплогрупп, фрагмент которого я приводил при обсуждении первой части статьи. На том дереве не развернута гаплогруппа DE, поскольку по ней пока нет ископаемых гаплотипов с датировкой 20000 лет назад и ранее, но, если это сделать, то “африканская” гаплогруппа Е точно так же разойдется веером из точки около 50 тыс. лет назад, как это мы видим для гаплогрупп С и F.
     
    То есть, мы имеем ситуацию, неплохо стыкующуюся с данными археологии. До 50000 лет назад мы почти не видим следов анатомически современных людей, за редкими исключениями вроде несчастных древних “китайцев”, съеденных пещерными львами (такова версия авторов статьи, почему нашли только хаотично разбросанные зубы в пещере без единого следа человеческой деятельности), а спустя всего несколько тысячелетий они появляются повсюду, в том числе и в Африке. Далеко не везде пока найдены костные останки, но технологии обработки камня резко поменялись, о чем подробно написано в процитированной статье Р. Беднарика в Advances in Anthropology .Понятно, что вывод о том, что эта датировка как-то доказывает выход из Африки, притом однократный, – всего лишь декларация о намерениях, не более того. Как трактовать “отчетливую вспышку” (punctuated burst, как выразились Poznik с соавторами) 50 тысячелетий назад, это вопрос, который требует дальнейшей проработки, желательно без идеологических штампов.
     
    Чтобы добавить интриги к задаче, вот дерево мито-ДНК собак (синий шрифт) и серых волков (Сanis lupus, оранжевый шрифт), как современных, так и ископаемых.
     

     
    На нем просматривается та же самая “вспышка”, и это при том, что одомашнивание предка собак (серого волка) принято относить к намного более позднему времени, и ни один дикий подвид Canis lupus никогда не жил в Африке. Подробности – в статье “Братья Гримм и ДНК-генеалогия (История 2: Бременские музыканты)”.

  • Stas Tambiå говорит:

    Хорошая подробная статья. Конкретные примеры из «широкогеномных» статей (так и хочется сказать «узколобых» статей) жуть как хороши :) Информация из последних абзацев даёт надежду, что «однократный выход из Африки» – этот современный флогистон – будет с позором забыт, как была забыта и та «сверхтонкая материя» XVIII века, об обнаружении которой писались научные труды, защищались учёные степени… а всё оказалось пшиком!

  • В.Юрковец говорит:

    На мой взгляд, уважаемый Анатолий Алексеевич, Вы в этих статьях убедительно показываете, что, по сути, парадигма “выхода из Африки” изначально является исключительно гуманитарной проблемой, т.е. по определению не наукой, следовательно, и разговаривать с её сторонниками языком науки бессмысленно и бесполезно. Здесь нужны другие специалисты, лучше всего из области масс-медиа. Нужно Задорнова подключать – там ржачки, как теперь говорят, немеряно. И в самом деле. Например, есть такой факт: нашли китайцы свидетельства пребывания анатомически современного человека в современном Китае 80-120 тысяч лет назад. Попгенетики тут же объявляют, что это прямое свидетельство выхода АСЧ из Африки 50±10 тысяч лет назад. Ну-у-у, тупы-ы-ые… (почти как Боринская с Балановскими, которым не дано природой понять статистический аппарат кинетики мутаций в Y-хромосоме). Они хоть знают, где находится Африка? А поскольку эти люди рулят наукой, то неудивительно, что у них получился такой результат.

  • И. Рожанский говорит:

    Насчет “позорной страницы” флогистона Вы погорячились. В реальности это была полноценная научная теория, сделавшая прорыв в понимании химии и превращении ее из ремесла, замешанного на суевериях, в настоящую науку. Когда концепция выработала свой потенциал, то закономерно отошла в прошлое, причем без громогласных разоблачений и далеко не сразу. Понадобилось немалое время, чтобы накопить экспериментальный материал для ныне существующей теории окислительно-восстановительных реакций.
     
    С “выходом из Африки” ситуация весьма отдаленно напоминает историю с флогистоном. В отличие от теории флогистона, ее прорывная мощь заключается не столько в продвижении наших знаний о ранней истории человечества, сколько в возможности привлечь с ее помощью хорошее финансирование в полевые генетические исследования. Археологи или палеонтологи могут только мечтать о размерах грантов и уровне оборудования, что сейчас задействованы в популяционной генетике. Поскольку любое неосторожно сказанное слово может привести к обмелению денежного потока из кармана налогоплательщиков (как это произошло с программами в физике высоких энергий), мы имеем на выходе чрезвычайно расплывчатые и скользкие формулировки в статьях по широкогеномному анализу.

    • Stas Tambiå говорит:

      Благодарю за ответ. Но не могу с вами согласиться, хотя вы и знаете несравнимо больше моего. Есть такая популярная фраза, с которой я тоже не согласен — “что нас не убивает, то делает нас сильнее”. Без сомнения, наука движется вперёд и есть соблазн всё, что в этом движении случается, признать способствующим этому движению. Неужели и пилтдаунский человек тоже “полноценная научная теория”, сделавшая прорыв в антропологии? Конечно, можно сказать, что разоблачение этой подделки научило учёных критически подходить к изучению костей. Но я думаю, что для науки было бы лучше, если учёные сконцентрировали своё внимание на положительной деятельности, чем на отрицательной — изучении подделок. Не хочу вас обидеть, но лично я думаю, что поддержка странной гипотезы выхода из Африки ради “хорошего финансирования” сродни поддержки уфологов в надежде на то, что они случайно обнаружат неизвестную комету. (Без сомнения, я совершенно не представляю финансовое состояние современной науки. Возможно, оно такое бедственное, что мои эти рассуждения кажутся наивными. Вполне возможно, что будь я астрономом, то в поисках финансирования я бы и не на такое согласился.)

      • Виктория В.С. говорит:

        Дело отнюдь не в “бедственности”. А в том, что для получения финансирования нужно иметь “положительный отзыв” у каких-то действующих научных кругов. Всегда. Не зависимо от того много или мало финресурса выделяется на научные исследования. У выделения денег та же самая процедура, что у принятия статьи к публикации. И чаще всего практически те же самые люди управляют процессами. С одной стороны, это объективная необходимость – ведь нельзя финансировать все возможные идеи подряд. С другой, если позицию “рецензентов” заняли люди, которые ошибаются или заблуждаются, то научные исследования могут долго “маршировать” в неверном направлении. Тем более в областях, где требуется высокотехнологичная материальная база. И соответствено очень дорогая, которую самостоятельно ученому создать невозможно.

  • Благодарю всех, кто сделал комментарии. Попробую ответить «кумулятивно».
     
    Про Омскую область – согласен, поправка принимается.
     
    >> “африканская” гаплогруппа Е точно так же разойдется веером из точки около 50 тыс. лет назад, как это мы видим для гаплогрупп С и F.
     
    Датировка образования гаплогруппы Е – 65200±3100 лет назад (расчеты по снипам). Датировки для гаплогрупп С и F – те же времена, в пределах погрешности расчетов.
     
    >> …по сути, парадигма “выхода из Африки” изначально является исключительно гуманитарной проблемой, т.е. по определению не наукой, следовательно, и разговаривать с её сторонниками языком науки бессмысленно и бесполезно.
     
    Сначала, видимо, ее рассматривали как научную проблему (это было в 1980-х годах), и авторы, похоже, не предполагали, как обернется дело. Конец той «чистосердечной» эпохе был положен в 1987 году, когда в журнале Nature была опубликована статья из Калифорнийского университета, Беркли, под названием «Митохондриальная ДНК и эволюция человека». Статья весьма слабая не только по современным критериям, но и по тогдашним, и можно только удивляться, как статья прошла рецензии. Достаточно упомянуть, что в Абстракте, предваряющем статью, сообщалось, что изученные авторами митохондриальные ДНК происходят от одной женщины, которая, «как было постулировано» (!), жила примерно 200 тысяч лет назад, «предположительно» (!) в Африке.
     
    Замечаете, как авторы старались дистанцироваться от своих же результатов? Не так как сейчас попгенетики, которые выдают желаемое за действительное, не моргнув глазом и не краснея, а напрямую вместо «предположительно и постулировано», пишут, что это факт. Более того, спустя четыре года часть тех же авторов дезавуировали свои выводы, как недостоверные, но выдвинули другие положения, правда, в целом о том же. Но дезавуирование уже не имело значения, лавина, индуцированная журналистами, уже пошла. Теперь это приобрело характер фантасмагории, фарса, анекдота.
     
    Ну ладно, это западные масс-медиа, которым это надо для агрессивной толерантности, и которые фактически задавили западных же исследователей, но российские-то антропологи из МГУ, им зачем это надо? Публикаций у них мало, цитируемости никакой, и вместо того, чтобы самим заниматься наукой, пусть в отношении «выхода из Африки», но самим, понимаете, они ей не занимаются. А надо, чтобы были свои данные, чтобы было понятно, что они так яростно отстаивают. А сейчас они играют какую-то комедию под названием «найди покемона в Африке», причем совершенно по западным, либеральным правилам. Разговаривать с ними языком науки, действительно, совершенно бессмысленно и бесполезно. Вместо того чтобы заниматься наукой, они устраивают шутовские конференции типа «Ученые против мифов», на которых нет ни мифов, ни ученых. Это что, Соколов ученый? Или Боринская? Или Дробышевский? Или Жуков? Или Чубур? А это – главные докладчики на тех конференциях.
     
    >> …А поскольку эти люди рулят наукой…
     
    Кто рулит? Перечисленные? Балановский с Балановской? Грешно смеяться, но приходится. Что касается того, что роль попгенетики в настоящее время заключается «не столько в продвижении наших знаний о ранней истории человечества, сколько в возможности привлечь с ее помощью хорошее финансирование в полевые генетические исследования», могу в значительной степени согласиться. Я уже много лет высказываю мнение, что попгенетики – фактически лаборанты, которые собирают данные и дают нам в ДНК-генеалогии возможность выдвигать соответствующие интерпретации. Финансирование, которое они получают, позволяет им это делать, и также по сути финансировать наши исследования. Посмотрите без предвзятости – какие их интерпретации обогатили науку? Или хотя бы были интересными? То, что они добывают и публикуют гаплотипы-гаплогруппы – безусловно, спасибо им за это. А что еще? Что ни интерпретация – это или ничего не значащая пустышка, или повторы того, что мы уже давно опубликовали (только они никогда не ссылаются), или просто ошибка.
     
    Только что (вчера) мне пришел из журнала Human Genetics лист публикаций в апрельском номере журнала, среди них – статья Балановского с соавторами по гаплогруппам и гаплотипам (в основном) армянской диаспоры в южных регионах России, и немного в Грузии, Месопотамии и Передней Азии. Мало того, что перепутали основной субклад гаплогруппы R1b в тех регионах, назвав его Z2130 (вместо Z2103), повторив ошибку несколько десятков раз, но гаплотипы даже не анализировали, не говоря о хронологических расчетах. А там по гаплотипам – кладезь информации. Далее, «открыли» там немало R1a-M458, но гаплотипы на M458 совершенно непохожи, это скорее всего один из карпатских субкладов (который, кстати, потом появился на южных Балканах и в Малой Азии). Базовый гаплотип их «М458» совпадает с предковым гаплотипом восточно-карпатской ветви, а от субкладов M458 отличается на 8 мутаций на 17-маркерных (!) гаплотипах, то есть примерно на 9275 лет (!). Основные выводы статьи откровенно списали у нас (ссылок опять не дали), а именно, что R1b из ямной культуры на запад не ходили, а какие R1b в западной и центральной Европе – они не знают, написали, что «какие-то загадочные». Да это уже всем известно, никакой загадки уже пять лет как нет, все описано в наших статьях в Advances in Anthropology (2012).
     
    От дискуссии по флогистону я воздержусь, основная дискуссия уже прошла 250 лет назад. Но обращу внимание на то, что это была действительно открытая дискуссия, в которую были вовлечены ученые, фамилии которых известны любому любителю химии, не говоря о профессионалах, например, Кавендиш, Бертолле, Лавуазье, а также Джозеф Пристли, который был наибольшим сторонником теории флогистона. Естественно, эта дискуссия обогатила науку, значительно продвинула ее вперед. А самая престижная медаль в современной химической науке – это медаль Пристли, которая присуждается раз в год Американским химическим обществом, в числе ее обладателей – 15 Нобелевских лауреатов. Обратите внимание – Пристли вчистую проиграл многолетний спор о флогистоне, и это не помешало ему оставаться знаменитым ученым. К сожалению, возвращаясь в наше время, должен отметить, что попгенетикам дискуссии претят, они на дискуссии не идут. Вспомните, что статью «Вызываю огонь на себя» я закончил обращением к попгенетикам, и вообще подписантам позорного «письма 24-х» к открытой дискуссии. Ни один и ни одна не ответили, вызов не приняли. Так что богатыри – не они, конечно. Это раньше были открытые дискуссии, сейчас же их заменяют позорные, трусливые письма. Раз вызов не приняли, написал книгу «Кому мешает ДНК-генеалогия», где всех поименно перечислил, и описал, чего они стоит – и опять тишина, ни один или одна вызов не приняли. Вот такой флогистон.

    • В.Юрковец говорит:

      Вы правы, уважаемый Анатолий Алексеевич – рулят тем, что они называют наукой. А по сути – финансированием того, что они называют наукой. Что касается плагиата в статье Балановского с соавторам – так это их фирменный стиль. Ничего своего им создать не дано, поэтому воруют у Вас и продают в Human Genetics, превращая его в издание-барыгу и опуская ниже плинтуса. Позорище.

    • Геннадий говорит:

      >> для западной Сибири (усть-ишимский человек, Тюменская область)…
       
      В принципе, тут всё правильно, только можно добавить, что в Тюменской области это Байгара.

  • И. Рожанский говорит:

    >> Датировка образования гаплогруппы Е – 65200±3100 лет назад (расчеты по снипам). Датировки для гаплогрупп С и F – те же времена, в пределах погрешности расчетов.
     
    По дате образования все именно так. Я пользовался теми же самыми расчетами, а из них следует, что самый недавний по времени предок ныне живущих носителей гаплогруппы Е жил 53000±3000 лет назад. К этой датировке сходятся ветви Е-М75 и E-P147, из которых последняя затем продолжает равномерно ветвиться, примерно как на картинке для мито-ДНК собак и волков. Линии, что разошлись с современными в промежуток времени между 64 и 53 тысячами лет назад, либо пресеклись, либо еще не найдены ввиду своей крайней малочисленности. Точно такой же зазор в 12-15 тысяч лет между образованием гаплогруппы и “вспышкой” хорошо виден в гаплогруппах С и F. Картинку я давал в комментарии относительно ископаемой ДНК эпохи палеолита. В гаплогруппе С разрывы между субкаладами очень большие, а вот сводная гаплогруппа F выглядит как пальма – от голого ствола разом расходится мощный пучок ветвей-гаплогрупп. Такая топология и послужила основанием к фразе, что датировка расхождения около 50000 лет назад – это не фантом.
     
    >> Далее, «открыли» там немало R1a-M458, но гаплотипы на M458 совершенно непохожи…
     
    Что-то совсем не везет самой большой европейской ветви R1a. В известной статье Андерхилля с соавторами 2014 года ее, например, умудрились не обнаружить в выборке из Белоруссии. Там было всего 34 гаплотипа, но даже на ней трудно представить, как можно проглядеть центрально-европейскую ветвь, к которой во всех остальных выборках относится порядка 20% белорусских R1a. В 17-маркерном формате ее распознать несложно, и в списке белорусских гаплотипов ее, действительно, нет. После таких чудес возникают серьезные вопросы по репрезентативности попгенетических выборок и первичной обработке материала. Если есть возможность, предпочтительнее работать с данными, собранным экспертами-криминалистами, даже без снипов. Они таких вольностей себе не позволяют.

  • >> Археологи или палеонтологи могут только мечтать о размерах грантов и уровне оборудования, что сейчас задействованы в популяционной генетике.
     
    >> Дело отнюдь не в “бедственности”. А в том, что для получения финансирования нужно иметь “положительный отзыв” у каких-то действующих научных кругов.
     
    Это тот случай, когда оба правы, тем более потому что говорят о разных вещах. Игорь Львович – о фактической стороне, Виктория Викторовна – о причинах, и в косвенном виде – о путях решения проблемы. И это относится к сложной в современной науке организационной проблеме – почему многие исследователи и научные направления плохо финансируются, а другие – очень даже неплохо, и как достичь «справедливости», хотя справедливости никогда не бывает. Это в свою очередь тянет проблему «объективной оценки значимости и эффективности научной работы».
     
    Как решить эту проблему – давно известно, только «гладко было на бумаге, да забыли про овраги». Основных причин плохого финансирования (или его отсутствия) три – (1) работы никому не нужны, не приоритетны и неинтересны, (2) работы неплохие или даже хорошие и важные, но авторы сами делают свои работы никому неизвестными, публикуются в малоизвестных журналах, и игнорируют пропаганду своих достижений, так, копаются потихоньку, и всё, и (3) работы важные и интересные, но систему финансирование и редколлегии журналов захватила спаянная группа людей, создавшая по сути коррупционную систему, и пропускают для публикаций и финансирования только «своих», с их посредственными работами. А посредственные – это следствие коррупции, при коррупции хорошего не бывает. Стимула нет. И так сойдет.
     
    По моим оценкам, большинство научных сотрудников попадают в первую группу. Они копаются в чем-то, интересном только им, или занимаются этим по традиции, по-накатанному, результаты не публикуют, или публикуют для галочки, в местных изданиях, которые никто не читает. Они обычно жалуются, что их «зажимают», «не ценят», «относятся несправедливо». Часто это научные сотрудники учебных заведений, особенно (но не обязательно) провинциальных. Не обязательно, потому что показательный пример – известные нам сотрудники кафедры антропологии МГУ Дробышевский, Соколов, Пежемский и другие, которые горазды на демагогические заявления, на охоту за «фриками», но демагогия в науке не ценится, как и ее авторы. Цитируемости на их работы нет, хотя в пиаре они преуспели. Так что они ко второй категории выше не относятся, исключительно к первой.
     
    Из оставшихся, очень многие научные работники попадают во вторую категорию. Вообще в России это перманентная проблема – подавляющее большинство не уделяют внимания изучению иностранных языков, не публикуются в англоязычных журналах (или вообще в читаемых международных журналах), выпадают из «круга чтения» большинства профессиональных коллег, и соответственно почти не цитируются. Отсюда – и значительно меньшие шансы на получение грантов и прочего финансирования. Круг замыкается. Кстати, финансирование идет не только по линии правительственных и академических грантов, это и финансирование частными компаниями, организациями, меценатами. Но для тех, кто находятся в первых двух категориях, эти возможности тоже практически отсутствуют.
     
    Третья категория относительно малочисленная, но коррумпированная «спайка» против них наносит максимальный вред науке. Это мы наблюдаем сейчас с ДНК-генеалогией, которую обкладывает коррумпированная система, сложившаяся с подачи популяционной генетики и в силу бытующей там ситуации в последние 10-20 лет. Журналы там обложили, статьи автоматически отклоняют, чем не раз бахвалился Балановский, поэтому мы пошли другим путем – журналы свои, книги свои, вебсайты свои, информационное обеспечение своё, организационная структура (в том числе Академия) – своя. А поскольку направление действительно интересное, приоритетное и важное, то обложить нас не получается. Финансирование нам особое пока не нужно, хотя и не помешало бы. Как видите, мы и без него активно продвигаемся.
     
    >> Что-то совсем не везет самой большой европейской ветви R1a.
     
    Не везет с попгенетиками. У нас-то R1a-M458 везет, и совсем неплохо, начиная с 2009 года, то есть уже 8 лет. А именно, после публикации в Вестнике (И.Л. Рожанский и А.А. Клёсов) большой статьи по R1a, в которой была выделена центрально-европейская ветвь R1a, и в том же году ее в лаборатории Underhill в Стенфорде назвали М458 и ввели в классификацию ISOGG. А после того у попгенетиков с ней пошли действительно невезения. То датируют не так (Underhill, Балановские и другие, 34 автора, 2010) и всю историю славян перекорежат (те же и Клейн), то М458 не найдут в Белоруссии (!), то, напротив, у армян найдут в изобилии (Балановский, 2017). Я не могу исключить, что в последнем случае это какая-то другая ветвь M458, возрастом 9 тысяч лет, что крайне маловероятно, или «так типирование показало, и давайте об этом забудем», но что-то много «невезения». Балановские – это какие-то негативные персонажи с черной палочкой – до чего ей ни дотронутся, все в труху превращается.

    • Сергец говорит:

      В связи с комментарием Анатолия Алексеевича стоит упомянуть, что в России в научной среде все чаще раздаются голоса, о том, что наукометрические критерии себя не оправдывают, ссылка. Я написал комментарий такого смысла, что это отговорка для тех, кто не смог реализоваться по показателю Индекса Хирша, на что получил очень любопытный ответ от научного сотрудника, преподавателя, вот он:
       
      …индекс Хирша это абсолютно субъективный показатель. У нас в университете среди гуманитариев самый высокий индекс – 10 у профессора, преподающего на курсах повышения квалификации что-то типа педагогики высшей школы. Итогом курсов является публикация статьи в ваковском журнале (он у нас свой), экспертом, принимающим статьи к публикации является он сам, условием публикации – ссылки на его работы. Что-то требует пояснения? Другой прием: научный руководитель не подписывает своим аспирантам отзывы на статьи, пока не увидит в тексте ссылки на свои работы. Вполне академический пример: два-три человека договариваются о взаимном цитировании. И эти примеры можно продолжать и продолжать“.
       
      Согласившись с существованием самого факта таких злоупотреблений, мне пришлось возразить, что дело не в самом методе оценки, который сам по себе объективен, а в том, что плохо осуществляется контроль в этой сфере, а также привел еще один пример – когда в авторах статьи несколько (до нескольких десятков) соавторов, а индекс идет в зачет каждому. Привел также аналогию, которая заключается в том, что не закон плохой, а его исполнение, так часто бывает. На что получил возражение от одного маститого (по Хиршу) астрофизика, приведу его полностью:
       
      Закон плохой. Хирш вообще то придумывал свой индекс для физики и смежных с ней наук, типа астрономии или геофизики. Вообще то он его придумывал просто из интереса. Знал бы, что его начнут околонаучные бюрократы направо и налево использовать – не стал бы придумывать. Вообще то при экспертизе на западе его применяют в совершенно определенных случаях, и уж всяко не для гуманитариев и не в прикладных науках. Ну насчет самоцитирований и числа соавторов. Так ведь легко его можно считать без учета самоцитирований соавторов работ. Вот у меня он по Web of Science 34, а если все самоцитирования всех соавторов вычесть, то будет 23. А можно еще после вычитания самоцитирований разделить оставшееся цитирование статьи на корень квадратный из числа соавторов, и посчитать потом индекс Хирша. А можно еще учитывать только цитирование в журналах из топ 25% по импакт фактору. Нет предела улучшений в борьбе с накрутками… Но гуманитарии то здесь причем ? А уж тем более российские вузовские преподы с их учебной нагрузкой, не оставляющей время на научную деятельность“.
       
      С ним я дускутировать не стал, так как знаю его позицию, что он принимает только правильные, по его мнению, журналы, и вообще, его чиновничий, бюрократический подход к науке. Кстати, один из борцов с “лженаукой”, который обычно поддерживает “политику партии”, которую, в свою очередь, часто исповедуют или проводят известные представители третьей категории, хотя может быть – это простое совпадение. В общем, не интересно.

  • Тарас Н. говорит:

    Пока я отвлекся на несколько дней на дела насущные, обсуждение в предыдущей теме было успешно закрыто. Я там оставил пару комментариев, на которые получил другие комментарии с предложениями и вопросы, а так как оставлять вопросы без ответа есть плохая практика, то я, с позволения ведущих, оставлю свои ответы здесь – все равно ведь они относятся к обсуждаемой теме. Итак, начну с конца:
     
    >> Но перед тем, как приступить к этой работе, задайте себе вопрос – что Вы хотите узнать, для чего строите дерево? Вопросы, которые задавал себе я, были простыми – узнать, образует ли дерево симметричную, единую систему для основных гаплогрупп (мужского) населения планеты, и если да, то какой возраст общего предка совокупности этих гаплогрупп.
     
    С удовольствием отвечаю: да, круговой формат дерева трудно читаем для меня и только для меня. А поскольку я (говорю только за себя) хотел бы разобраться в вопросе, то и изменения формата деревяшки для меня важно. Что я хотел бы увидеть? Я хотел бы посмотреть на расположение гаплогрупп относительно друг друга на дереве. Для этих целей, равно как и для заявленных целей Вашей работы, показ каждого гаплотипа в каждой отдельно взятой гаплогруппе совершенно необязателен. Это было бы важно только если бы делался анализ расположения одного или нескольких отдельных гаплотипов. Но таковой задачи не стояло, верно? Поэтому представление дерева в традиционном виде позволило бы сжать ветки гаплогрупп и уменьшить формат дерева. В этом случае, много страниц для отображения дерева не потребовалось бы, уверяю Вас. Одной А4 хватило бы с лихвой, и даже половины. Я обычно пользовался программой MEGA для деревяшек, но функция сжатия ветвей невозможна для круговых деревьев. Я думаю, программа, которой Вы пользовались, позволяет экспортировать файл в формат *.nwk или другой формат.
     
    Гипотеза В.П. Юрковца о катаклизме планетарного масштаба и моё мнение об этой гипотезе. Анатолий Алексеевич, Вы совершенно правы, моё мнение в данный момент есть мнение “по понятиям” – сжатое, неаргументированное и крайне субъективное, т.е. имеет вид комментария к обсуждаемой статье. Это не мнение некоего арбитра, как Вы выразились, но мнение читателя, который “примеряет” прочитанное к своим знаниям и представлениям. Я готов представить своё мнение в более развернутой форме. Но от публикации в Вестнике, боюсь, вынужден отказаться – на нормальную научную статью или просто рецензию моё мнение вряд ли потянет. Я ушел из науки несколько лет назад, занимаюсь другими делами и в редкое свободное время стараюсь закончить работу по которым у меня есть своего рода обязательства. Да и доступа к литературе я уже не имею. Какие уж тут новые публикации? Только комментарии “по понятиям”. Но, повторюсь, я готов представить своё мнение в более развернутой форме, если это интересно.

  • И. Рожанский говорит:

    >> Журналы там обложили, статьи автоматически отклоняют…
     
    …а если не отклоняют, то вынуждают авторов играть по их правилам, зачастую переходя грань научной этики. Любители со стражем, может быть, помнят историю статьи авторов из Венгрии, которые провели типирование полевой выборки на только что открытый (не попгенетиками!) снип Z93 задолго до того, как это стали делать “мэтры”, а для интепретации привлекли данные FTDNA и нормальные расчеты датировок. Их небольшую по объему статью последовательно отклоняли из нескольких журналов, и после более чем годичного путешествия по редакциям она вышла в серьезном, но не профильном для генетиков журнале в сильно урезанном и искаженном виде – без анализа выборки FTDNA и с “эволюционными скоростями”, утратив за это время новизну и шансы получить хорошее цитирование. Самое интересное в этой истории то, что из лабораторий, где, очевидно, трудятся рецензенты, поставившие шлагбаум, вскоре потоком пошли публикации, где про субклад Z93 говорилось как о само собой разумеющемся, “эволюционные скорости” вывели из обращения без единого комментария, а ссылки на коммерческие выборки стали вполне “легальными”. Разумеется, ту статью в них, как правило, не цитировали, а если и упоминали, то для массовки.
     
    Замалчивание источника информации – это не менее популярный способ поднять собственную значимость. Автору этих строк лично пришлось столкнуться с такой манерой, когда в престижном онлайн-журнале PLOSone вышла совместная статья попгенитков из Тарту и генетиков-криминалистов из Минска с анализом выборки Y-ДНК белорусов. Ее выводы никак не вытекали из анализа по принципиальным компонентам в секции “результаты”, потому что были фактически списаны с другой статьи, вышедшей в белорусском журнале “Наука и инновации” за несколько месяцев до отправки в редакцию PLOSone. Нетрудно догадаться, что никакой ссылки не было, и это при том, что нестыковка выводов и анализа была видна невооруженным глазом, а двое соавторов из Белоруссии были также соавторами статьи в “Науке и инновациях”. Либо они сами не решились включить собственную статью в список литературы из-за боязни подвергнуться остракизму за сотрудничество со “лжеучеными”, либо это их заставили сделать эстонские соавторы, проведя заодно промывку мозгов. Грубейшее нарушение научной этики налицо. Не хотите цитировать, ваше дело, но тогда, будьте добры, не воруйте чужие результаты, а предложите собственную трактовку, исходя из своей парадигмы.

  • И. Рожанский говорит:

    Небольшой комментарий про заставку, точнее, автора воспроизведенной на ней картины. Это знаменитый чешский художник Зденек Буриан (1905-1981), проиллюстрировавший за свою жизнь сотни книг и альбомов, посвященных прошлому Земли. Он по сей день остается непревзойденным мастером реконструкции облика древних людей, животных и растений. Точность Буриана в следовании научным данным поражала профессиональных антропологов и пелеонтологов, а по художественным достоинствам его иллюстрации и тематические циклы картин многократно превосходили работы коллег по цеху, в которых динозавры или неандертальцы зачастую выглядели как плохо набитые чучела. По сути, мы все, включая профессионалов и составителей программ для компьютерной реконструкции, видим доисторический мир глазами чешского мастера. Когда другой великий мастер реконструкции, М.М. Герасимов, лепил скульптурные портреты первобытных людей, он (намеренно или подсознательно) руководствовался картинами З. Буриана при оформлении деталей, которые нельзя восстановить по черепу. В этом нетрудно убедиться, если сравнить прически, детали одежды и украшения.
     
    Строго говоря, мы не знаем, как в действительности выглядели люди, изображенные на заставке. Почти наверняка они украшали себя татуировками, раскраской, перьями, делали сложные прически, и художник, разумеется, знал это, поскольку подробно изучал этнографические материалы. Но он намеренно не пошел по пути фантазийной детализации (как сейчас делают телевизионщики), потому что за ней исчез бы главный посыл его творчества – дать нашим современникам взгляд в прошлое, которое существовало в реальности, а не было кем-то придумано, как обсуждающийся здесь “выход из Африки”.

  • Anton говорит:

    Spoštovani Anatolij Aleksejevič, predvidevam, da če bi Vam bil E. Willerslev pripravljen dati celotne sekvence kromosomov Y, da bi Vi znali z njih razbrati več kot njegovi sodelavci. Lepo pozdravljeni vsi!

  • Oleg говорит:

    По большому счету, по-человечески министра Коллинса понять можно, наверняка, хороший администратор, с медицинским образованием. Гранты выделялись министерством, т.е. это деньги налогоплательщиков и за них надо отчитаться. А тут уже подоспели статьи в Nature. Посмотрел абстракты – «выход из Африки». Посмотрел на базу исследований – 787 полных геномов из 280 популяций на две работы – 2 раза вокруг Земли объехали. Все данные хорошо обработаны и графически представлены тоже хорошо. Посмотрел на авторов – серьезные большие коллективы 79 и 75 авторов, можно доверять. А тут еще в Nature независимое (Эстония – это где?) тоже серьезное исследование – 483 генома, 125 популяций, 98 авторов – с тем же результатом. Можно отчитываться – деньги потрачены не зря, «мы все африканцы», с независимым подтверждением результата. Продолжаем, ребята, приходите за грантами. Круг замкнулся…

  • Валерий говорит:

    Поражает изворотливость апологетов выхода из Африки, мифотворчество в человеке неистребимо, в век компьютеров и нанотехнологий мифы плодятся в геометрической прогрессии.

  • >> стоит упомянуть, что в России в научной среде все чаще раздаются голоса, о том, что наукометрические критерии себя не оправдывают…
     
    Ничего удивительного. Посмотрите на состав тех трех категорий, которые я описал выше, это и есть в основном те люди, которые призывают не рассматривать цитирование как показатель эффективности научной деятельности. А поскольку обитателей первых двух категорий подавляющее большинство в российской науке, то опять же ничего удивительного в том, что подавляющему большинству не нравится, когда их оценивают по цитируемости.
     
    По тому, как научные сотрудники оценивают свою цитируемость, и цитируемость вообще как инструмент оценки научной деятельности, можно много о каждом из них сказать. Вот пример положительный. Мой приятель, который живет и работает во Франции, русского происхождения, когда-то окончил Физтех (в Долгопрудном) и стал известным ученым европейского масштаба, хотя занимается крайне математизированной областью, математической физикой. На должность (и звание) пожизненного професссора его в свое время утвердил лично президент Франции Жак Ширак, по ходатайству университета Ниццы. Во Франции иностранцу стать пожизненным профессором очень непросто. Так вот, я обратил внимание приятеля, что его цитируемость хоть и неплохая, но ниже той, которую можно ожидать от ученого его уровня. Какая, вы думаете, была его реакция? Что он сказал, что его направление узкое, специалистов мало, потому и цитируемость меньше ожидаемой? Ничего подобного. Он покачал головой и сказал – «это непорядок, надо поднимать», и тут же прикинул план, как это делать – опубликовать больше статей в ведущих журналах, ускорить сдачу в печать книги, с которой затянул, выступить на нескольких ведущих конференциях, и так далее. Вы видите подход настоящего ученого? Он, который был далек от изучения цитируемости, сразу схватил важность этого дела, и тут же предпринял конкретные меры.
     
    Сегодня я посмотрел его цитируемость, спустя несколько лет после нашего разговора, она стала заметно лучше. Чтобы быть конкретным, приведу ее (число ссылок на его статьи в порядке уменьшения цитируемости, вплоть до порядкового номера статьи, при котором число ссылок больше или равно этому номеру): 463, 333, 313, 114, 106, 97, 93, 88, 85, 54, 53, 41, 41, 39, 39, 34, 33, 32, 25, 24, 23, 23. Индекс цитируемости (Хирша) равен 22. Потому что следующая (по цитируемости) статья имеет порядковый номер 23, а на нее только 22 ссылки, поэтому она уже не считается. Индекс цитируемости 22 – это не огромный, но вполне приемлемый для хорошего ученого. Это на уровне многих российских академиков РАН (или выше их цитируемости). Напомню, что по негласному правилу в США кандидат на должность полного профессора должен иметь индекс цитируемости не ниже 15. Хотя понятно, что только индекс цитируемости никто не рассматривает, порой «однорукая чернокожая лесбиянка со спидом» является для некоторых учебных заведений значительно более ценным приобретением, чем любая цитируемость.
     
    Вот, например, цитируемость академика РАН, биолога, директора Института общей генетики: 175, 155, 131, 106, 100, 76, 69, 46, 44, 41, 39, 34, 33, 33, 33, 33, 30, 29, 28, 27, 25, 24. Индекс цитируемости равен 22. Правда, направление несравненно более широкое, но вряд ли этому стоит придавать большое значение. Еще вопрос, где будут больше (или меньше) цитировать – в широком направлении или в узком, поскольку в широком конкуренция для ссылок больше, и скорее могут ссылаться на других при прочих равных факторах.
     
    Вообще начинать оправдывать свою низкую цитируемость, жонглируя всеми возможными причинами – это, в первую очередь, неэтично. Сразу характеризует человека. Вспоминается ситуация с Л.С. Клейном, описанная ранее на Переформате (в статье Что говорит Google Scholar о пчёлах и их вкладе в науку), на которого цитируемость оказалась куда как маленькой. Клейн читает Переформат, и поэтому сразу отреагировал, как и положено человеку неэтичному и всячески изворачивающемуся. Он завел обычную песню, что на статьи в гуманитарных направлениях не ссылаются, ссылаются только на естественнонаучные, что он знаменитый, и у него 40 книг, и что цитируемость в его направлении нельзя принимать во внимание. Я ответил, что пусть он посмотрит на цитируемость David Anthony, который работает в той же области, что и Клейн, а именно археология южнорусских степей. Так что Клейн просто плохой танцор, которому многое что мешает. А то, что 40 книг совсем не цитируются, говорит просто о том, что они либо непрофессиональны, либо не читаются, либо читаются, но не цитируются, уж не знаю, что хуже. Так вот, цитируемость David Anthony, сегодняшние данные: 702, 587, 245, 207, 164, 149, 146, 112, 99, 98, 80, 77, 73, 68, 53, 53, 47, 45, 30, 29, 28, 25, 24, 24. Индекс цитируемости – 24. Не чета Клейну. Клейн, конечно, сейчас опять начнет выкручиваться, что Антони публикуется на английском языке, и у него больше читателей. Да, конечно. Но не надо подменять основной тезис цитирования как инструмента – оно показывает вклад в международные информационные потоки. Нет цитирования – нет вклада. Работа была, бумагу извели, чернила потратили, в том числе электронные, а вклада нет. Речь-то не о том, что Клейн старался, килокалории терял, брюки просиживал, а о вкладе в международные информационные потоки, а их числом статей и книг уже давно не измеряют. Измеряют откликом коллег по системе обратной связи.

  • А мнений много, действительно, но что нам мнения? У меня вот свое мнение, но в отличие от академика Паршина, на мнение которого Вы, уважаемый «Сергец», дали ссылку, я даю конкретные примеры, а не ограничиваюсь общими декларациями. Вот, кстати, цитирования на его работы: 309, 125, 116, 103, 99, 71, 52, 51, 45, 38, 32, 32, 28, 26, 21, 20, 19, 18. Индекс цитируемости – 18. У меня, кстати, индекс цитирования 27, так что в обсуждении этого инструмента мое мнение не менее весомо, чем мнение Паршина. Вполне возможно, что его индекс ниже, потому что область узкоспециальная, это алгебраическая геометрия и теория поля (судя по его статьям), но ведь более трехсот ссылок на свою самую цитируемую статью набрал, а потом резкий сброс при той же когорте специалистов в мире. Может, потому что самая цитируемая статья – в математической энциклопедии (1999), и автор он там не один, и не главный автор, фамилия главного автора там подчеркнута… Но и это не стоит обсуждать, цитирование есть цитирование.
     
    Что же касается содержания его выступления перед гуманитариями, то оно по сути пустое, голословное, ни одного конкретного примера не привел, и намешал туда много разного, сместив понятия. Например, много говорил про «импакт-фактор», и что многие в мире против использования его в личных целях. Естественно, многие против, и я тоже против того, что этот «фактор», что есть среднее цитирование статей по всему журналу, начали вводить в свои CV (резюме) отдельные специалисты, что, мол, опубликовал статью в Nature, а там «импакт-фактор» 38.1, и это выдается за достижение данного конкретного автора. А на самом деле цитирование его конкретной статьи равно нулю, что бывает и в Nature, см. диаграмму ниже (данные 2013-2014 гг).
     

     
    Здесь показано, что в среднем статьи в Nature цитируют (округленно) 38 раз, статьи в Science 35 раз, а статьи в PLOS – 3 раза. В то же время эти цитирования распределяются между статьями крайне неравномерно. В Nature относительно небольшая доля статей цитируется между 0 и 15 ссылок на статью, а большинство – от 15 до 100 и больше ссылок на статью. В Science – примерно так же. А в PLOS – больше 15 ссылок на статью практически не наблюдается, а в основном – по 2-3 ссылки на статью. Здесь было упомянуто, что PLOS – это «престижный» журнал, но, как видим, его престижность – это в значительной степени фантом. А если учесть, что в этом журнале публикации не просто платные, а за них берут по 2500 долларов за публикацию (это, видимо, в счет «престижности»), то картина поворачивается совсем по-другому. Естественно, при оценке конкретных исследователей нужно учитывать не журналы, в которых они публикуются (часто в составе коллективов из десятков человек, как часто в попгенетике), а цитируемость статей этих конкретных исследователей. Но Паршин в своем докладе это поворачивает как возражение против учета цитируемости как эффективности оценки научных работ. Вводит гуманитариев в заблуждение.
     
    Вводит Паршин гуманитариев в заблуждение и относительно «бума публикаций в Китае». Это не имеет никакого отношения к цитируемости. Это имеет отношение к раздуванию числа публикаций за счет создания многочисленных фейковых журналов, но они как раз имеют нулевые цитируемости. То есть здесь Паршин передергивает тему, и фактически показывает, почему нужна оценка цитируемости.
     
    Естественно, любое хорошее дело можно якобы дискредитировать приведением единичных примеров жульничества, или искажения, извращения основного положения. Например, можно выступать против оценок учеников в школах, потому что и из двоечников, бывает, получаются академики. Тогда, мол, зачем оценки? Но если посчитать, из какого числа двоечников академиков не получилось, то статистика окажется убедительной, правда, наоборот. Это всё называется демагогией, и академик Паршин это наглядно показывает.
     
    Понятно, что не всё можно измерять цитируемостью в научных журналах. Что, Путина, Обаму или Трампа с Меркель активно цитируют в научных журналах? Но их деятельность на другое направлено, где их неплохо знают, и оценивают их достижения в другой системе координат. Но если претендуешь на науку, на вхождение в международные информационные научные потоки, то будь добр в них входить, а не симулировать «научную деятельность», и жонглировать понятиями типа «ваковские журналы», это для другого, а именно, чтобы отсечь симуляцию с публикациями. До цитирования там далеко.
     
    >> …индекс Хирша это абсолютно субъективный показатель. У нас в университете среди гуманитариев самый высокий индекс – 10 у профессора, преподающего на курсах повышения квалификации что-то типа педагогики высшей школы.
     
    Очередной пример откровенной демагогии. Что такое «у нас в университете среди гуманитариев»? Мы же говорим о международных таблицах цитируемости, а не «у нас в университете». Я уверяю, что этого профессора в этих международных таблицах нет. И вообще, что опять за голословность? Пусть даст фамилию, это можно проверить. Но это не подтвердится, потому что дальше демагог говорит о том что эти «цитирования» под давлением идут в некоем «своем журнале». Скоре всего, такой журнал и не попадает в списки учета цитируемости, речь идет о международных информационных потоках. Я же говорил, что эти «акробаты»-демагоги всё что угодно придумают, и единичные примеры подберут, чтобы исказить и извратить основное положение. Это же относится и к «два-три человека договариваются о взаимном цитировании», но на индекс выше двух-трех это влияние не оказывает.
     
    Я занимался изучением научного цитирования и всевозможных факторов «за» и «против» еще с начала 1970-х годов, когда свежезащитившимся кандидатом наук был приглашен академиком (тогда еще член-корреспондентом) В.А. Кабановым быть ученым секретарем Комиссии по наукометрии. И за годы я всю ту демагогию «противников цитируемости» изучил вдоль и поперек, на сотнях примеров. Они всегда жульничают, конкретных примеров не дают, а если дают – то выдернутых из контекста, или самими придуманных. Пока лучшего показателя, чем индекс Хирша, не нашли. Это не значит, что лучшего нет, но пока не нашли. А противники ничего своего взамен не предлагают, как тот же Паршин, они только критикуют. Сейчас это ведет к очевидному – никакой реформы РАН, ни за что, пусть все остается, как было и как есть.
     
    Что, интересно, они ответят на то, что членам Национальной Академии наук США никаких «стипендий» или зарплат Академия не платит. Они получают свои деньги только по месту работы, в университетах (как правило) или институтах, за конкретные консультации (опять не в Академии) и так далее. Напротив, они платят в Академию ежегодные членские взносы, несколько сот долларов в год, для того, чтобы ее поддержать. Вот какая реформа в первую очередь нужна РАН. Но РАН реформы боится как огня. И понятно, почему.
     
    >> Но гуманитарии то здесь причем ? А уж тем более российские вузовские преподы с их учебной нагрузкой, не оставляющей время на научную деятельность.
     
    Ну и замечательно, преподавание – благородное дело. Только тогда не нужно называть это наукой, не нужно применять критерии цитируемости для оценки эффективности их преподавательской деятельности, а применять другие критерии – отзывы студентов и аспирантов, написание учебников, введение новых учебных курсов, да мало ли что? И таких демагогов я встречал бесчисленное множество.

    • Сергец говорит:

      >> Только тогда не нужно называть это наукой, не нужно применять критерии цитируемости для оценки эффективности их преподавательской деятельности…
       
      Положим, астрофизик прав насчет российских преподавателей вузов, а как же тогда о гуманитариях в целом? Он же в первую очередь про них писал. Приведенный Вами же, уважаемый Анатолий Алексеевич, пример с Anthony наглядно показывает, что дело не в “законе” (показатель цитируемости), а в “танцоре”, и Anthony не исключение, не единственный пример среди гуманитариев.
       
      >> И таких демагогов я встречал бесчисленное множество.
       
      Так в чем тогда демагогия? С астрофизиком Вы, получается, согласны? Или речь здесь о преподавателе и её комментарии? Так она также не согласна с применением к ним, “вузовским преподавателям с их нагрузкой”, показателя по Хиршу, но с исключением совсем из науки навряд ли согласится. Или же стоит вести речь о том, кто ты прежде всего, ученый или преподаватель?

      • Уважаемый «Сергец», предмет дискуссии, на мой взгляд, исчерпан, если не продолжать с конкретными и убедительными примерами. Общие слова здесь не работают. Заметьте, я все свои положения сопровождаю конкретными примерами, и не работаю в поле «мнений» и общих разговоров.
         
        Что касается «прав астрофизик», или неправ, то такой категоричности в общем случае не бывает. Дело не в выхватывании чего-то из контекста, например, смотрите, был двоечником, а стал академиком. А другие говорят – «в самом деле, он прав!». Дискуссия же не о том, может ли двоечник стать академиком (ответ – да, может), а в том, нужны ли оценки в школах (ответ – да, нужны). Поэтому я всегда призываю четко (по возможности) сформулировать предмет дискуссии. Если вопрос – нужно ли использовать индекс цитируемости в оценке эффективности научной работы (понимая эту эффективность как вхождение в международные научные потоки), то ответ – да, нужно. Если вопрос – а бывают ли исключения?, то ответ – да, бывают. Но не они определяют общую картину. Например, научные работы секретные, закрытые. Но там уже другие критерии оценки научной работы, им цитируемость не нужна. Если результатом их научной работы стало создание новой баллистической ракеты, то зачем там цитируемость? А если эта ракета взорвалась при первых же испытаниях на стартовом столе, то оценка эффективности работы резко меняется, и цитируемость опять же не нужна.
         
        Но демагоги валят всё в одну кучу. Я с трудом могу понять, какую цель они при этом преследуют, либо они просто глупы, и не понимают, в чем суть дискуссии, либо у них своя цель и задачи. Какие их цели и задачи – есть варианты.
         
        Про преподавателей, у которых просто нет времени заниматься наукой, или занятия наукой им не нужны, разговор отдельный. Критерии оценки эффективности преподавания у них не определяются цитируемостью, и надо использовать те критерии, которые наиболее приоритетны в данном случае, какие – я уже отметил в предыдущем сообщении.
         
        >> Или речь здесь о преподавателе и её комментарии? Так она также не согласна с применением к ним, “вузовским преподавателям с их нагрузкой”, показателя по Хиршу, но с исключением совсем из науки навряд ли согласится.
         
        Так и я не согласен, что к преподавателям, которые почти не занимаются наукой, или совсем не занимаются, нет смысла применять критерий цитируемости в научной печати. Но есть исключения – когда эти преподаватели везде сообщают, что они «ученые», или даже «официальные ученые», и имеют наглость «учить жизни» в науке тех, кто бесконечно выше их по научному признанию, в том числе и по цитируемости. Да, вы поняли, что в данном случае я имею в виду Соколова, Дробышевского, Жукова, Чубура, Боринскую, которые провозгласили себя «официальными учеными», и вынесли это в виде баннера на свои потешные конференции. В науке их при этом нет. Ну, может, немного, на хвосте, Боринская, цитируемость которой для геномной лаборатории смехотворно мала. И понятно, почему – то она занимается алкоголизмом (основная тематика лаборатории), то присоседивается к попгенетикам с им примитивными статьями, то бегает с доносами (так она их понимает) в комиссию при РАН, то выступает с русофобскими комментариями в зарубежных политических журналах, откуда там наука? А остальные «официальные ученые» в науке вообще ничем не отметились, и их индекс цитирования это показывает. Он или равен нулю, либо для его счета достаточно двух пальцев на руках.
         
        Что касается «исключения из науки», с которым преподаватели «вряд ли согласятся» – то никто их «исключать» не собирается. Это как в футболе – никто не исключает из футбола те команды, которые находятся в любительской лиге, но у них есть шанс со временем перейти в Российский футбольный союз, далее в лигу национальную, и, наконец, в Российскую премьер-лигу. Но если любители будут выступать с заявлениями, что они «официальные футболисты», то их засмеют. В науке же более завуалировано, те обманутые, кто сидят в зале на этих потешных конференциях, на самом деле верят заявлениям, что на сцене – не клоуны, а «официальные ученые». И разобраться с этим сразу помогает индекс цитируемости.
         
        Давайте так – я обращаюсь к потешным «официальным ученым» с предложением выступить мне на следующей конференции с тем, чтобы обозначить, кто из них «официальные ученые», откуда это следует, и какие «мифы» они там «разбирают». Как думаете, согласятся? Ответят? Или тут же спрячутся под лавки?
         
        Дополнение. Ко мне сегодня обратился русский читатель Переформата (из Калифорнии, по-моему), физик, и попросил выяснить его индекс цитируемости. Оказалось, у него индекс равен 35. Я его искренне поздравил с таким достижением. Дам только первые несколько чисел цитируемости его статей – 825, 490, 390, 307, 297, 297, 255… Ну, кто будет сомневаться в его научном вкладе? Его статьи активно читаются и цитируются, и, конечно, не без причины.

  • >> …predvidevam, da če bi Vam bil E. Willerslev pripravljen dati celotne sekvence kromosomov Y, da bi Vi znali z njih razbrati več kot njegovi sodelavci.
     
    Уважаемый профессор из братской Словении, мне не нужно было давать E. Willerslev полную последовательность Y-хромосомы, у него и так она есть. Более того, у него (у его сотрудников) есть вся информация для того, чтобы извлечь оттуда десятки (а на самом деле сотни и тысячи) снипов и гаплотипы протяженностью в сотни маркеров. И они прекрасно знают, как их извлекать. Но им это не нужно, вот в чем проблема. Им не нужно, потому что поплывут их выводы, а это тем более не нужно. Вот так своими руками «широкогеномные» попгенетики отталкивают науку. Вот это действительно трагедия современной «широкогеномной» науки.
     
    >> А поскольку я… хотел бы разобраться в вопросе, то и изменения формата… для меня важно.
     
    Ну так за чем дело стало? Я объяснил, что и как надо сделать. Базы данных открытые, никто не мешает извлечь те самые гаплотипы, плюс те, что появились за прошедший год. Заодно и проверите на бóльшем числе гаплотипов, тоже хорошо.
     
    >> Что я хотел бы увидеть? Я хотел бы посмотреть на расположение гаплогрупп относительно друг друга на дереве.
     
    Это всё показано на дереве, приведенном в статье. Хотите проверить сами – см. мое предложение выше.
     
    >> …представление дерева в традиционном виде позволило бы сжать ветки гаплогрупп и уменьшить формат дерева.
     
    Опять же см. выше. В чем проблема-то? Или Вы хотите себе сэкономить несколько часов? Или даже день? Ну тогда Вам это не очень нужно. Или Вы предпочитаете, чтобы время потратил я? Это как-то не очень честно, не находите? Я понимаю, если бы у меня была уникальная информация, но ведь все доступно в базах данных.
     
    >> Я готов представить своё мнение (о гипотезе В.П. Юрковца) в более развернутой форме.
     
    Нет, увольте, мнение не надо. «Мнение – дешево», в переводе с известной заокеанской поговорки. На сайте В.П. Юрковца есть поучительная полемика по этому же вопросу, и не с любителем, а с профессионалом довольно высокого полета. Тот тоже раз за разом выставляет свое мнение, а в очередном следующем комментарии извиняется, что там-то не подумал, там-то не учел, там-то не обосновал. А В.П. Юрковец с завидной невозмутимостью «прокатывает» того профессионала раз за разом. Мнения не ценятся, ценятся обоснованные положения, продвигающие науку.
     
    Тут наш штатный историк с короткой фамилией как-то тоже делился своим «мнением», что про египетские пирамиды историкам всё давно известно, и уж во всяком случае известны датировки всех древних пирамид. На принципиальный вопрос, заданный ему, не ответил. А я открываю прекрасный и глубокий обзор Фурсова, не отца (Андрея Ильича), а сына, Кирилла Андреевича, историка-востоковеда, старшего научного сотрудника Института стран Азии и Африки МГУ и Института экономики РАН, и там на десятках страниц производится разбор того, что по египетским пирамидам известно и что не известно, так там второго несравненно больше, чем первого. Сплошные загадки – кто, когда, зачем… Ну, и зачем нам такое «мнение» нашего штатного историка, когда оно совершенно безответственное? Понимаете, о чем я?

    • И. Рожанский говорит:

      >> у него (у его сотрудников) есть вся информация для того, чтобы извлечь оттуда десятки (а на самом деле сотни и тысячи) снипов и гаплотипы протяженностью в сотни маркеров. И они прекрасно знают, как их извлекать.
       
      Это так, и свидетельство тому – гаплотипы из сотен маркеров, которые получают клиенты компании YFull по результатам теста BigY на 10 миллионов нуклеотидов в Y-хромосоме. Однако с ископаемой ДНК этот налаженный процесс осложняется тем, что она фрагментарна. Те самые специалисты, кто щелкает BigY, как орешки, пишут, что из материалов секвенсирования древней ДНК, т.н. БАМ-файлов, очень сложно, а зачастую невозможно извлечь STR, особенно если речь идет о стандартных панелях.
       
      Суть проблемы – метод, с помощью которого проводят сиквенс в ведущих лабораториях. Он носит название “shotgun”, то есть “дробовик” в переводе с английского. До его внедрения в палеогенетике пользовались (а многие пользуются и сейчас) стандартной методикой PCR, в которой снипы и STR находят последовательно с помощью т.н. праймеров – уникальных комбинаций из 20-30 нукеотидов, обрамляющих искомый сегмент. Если этот сегмент поврежден, то он либо не читается вообще, либо читается с большими искажениями. По этой причине из значительной, если не большей часть образцов древней Y-ДНК не удается извлечь ни одного снипа или STR. Показательный пример – разрекламированный компанией IGENEA анализ ДНК из волоса Наполеона Бонапарта, по которому якобы установили гаплогруппу императора. В действительности из волоса удалось надежно извлечь значение только для одного маркера, а именно DYS448=20. Весь остальной материал был получен от ныне живущего потомка одного из братьев Наполеона, у которого, по счастливому стечению обстоятельств, этот маркер совпал.
       
      Метод shotgun позволяет избежать таких провалов, и многократно повышает эффективность извлечения информации из сильно поврежденной ДНК. В нем не проводят поиск праймеров на хроматограммах, а делают амплификацию всех уцелевших сегментов, которые затем с помощью специальной компьютерной программы, образно говоря, выкладывают, как пасьянс на подложку из стандатрной ДНК. Все это переводят в цифровой вид (тот самый БАМ-файл размером в гигабайты), и дальнейшая работа идет с ним. При однократном прочтении каждый сегмент ДНК выглядит как мишень, которую долго расстреливали из дробовика, откуда и название метода. Если материала ДНК достаточно много, то это дает возможность получить, образно говоря, большую стопку таких расстрелянных мишеней, в которой перекроются все дыры, и можно будет получить связную картину. С ископаемой ДНК, за редкими исключениями, приходится иметь дело с сильно “изрешеченными” образцами, в которых весьма редко можно найти неповрежденную последовательность в несколько десятков нуклеотидов, которая вмещала бы в себя целый маркер. Со снипами проще, потому что их можно обнаружить, в принципе, даже в очень коротком обрывке. Это, по-видимому, основная причина, почему специалисты в работе с генетическим материалом сосредотачивают свое внимание на снипах, а не STR.
       
      В древних гаплогруппах эквивалентные снипы исчисляются десятками и сотнями, что повышает шанс обнаружить их даже в сильно поврежденных образцах. Чем моложе ветвь, тем меньше в ней эквивалентных снипов и тем больше вероятность, что они попадут на “дыру”, приводя в итоге к “недотипированию”, что мы и наблюдаем в обсуждаемых работах. Расшифровку снипов осложняет также то, что далеко не всегда они дают однозначное отнесение к той или иной линии. Часть из них может указывать на принадлежность к ней, часть – быть в минусе. Вывод о конкретном отнесении таких неоднозначных образцов зависит, как правило, от опыта и личных предпочтений исследователя. У разных специалистов они могут не совпадать, а попгенетики в таких случаях предпочитают ограничиться только 100-процентными вариантами. Если их нет (по их мнению), то образец записывается как нечитаемый.
       
      С аутосомными снипами все проще. Их сотни тысяч во всех хромосомах, и даже при многократном отсеве их остается достаточное количество, чтобы закладывать в компьютерные модели. Ручной работы, как с реконструкцией детальной филогении и гаплотипов, там почти нет. Все предельно автоматизировано, и в этом, подозреваю, главная причина нежелания попгенетиков заниматься ископаемой Y-хромосомой на несравненно более высоком уровне, чем это позволяла прежняя техника. Нашли свою жилу, и копают только там, не разбирая, где руда, а где пустая порода.

  • И. Рожанский говорит:

    >> В.П. Юрковец с завидной невозмутимостью «прокатывает» того профессионала раз за разом…
     
    Выскажу свое личное мнение по поводу невозмутимости, пусть это и не приветствуется. Читать материалы Валерия Павловича, как правило, интересно и познавательно, но вступать с автором в полемику никому не советую, чтобы не попасться на логическую уловку, известную еще со времен античности, и которой Валерий Павлович виртуозно владеет. В классической форме она звучит так: “Курица смертна. Сократ смертен. Следовательно, Сократ – это курица”. Строго говоря, такие выверты в завуалированной форме сплошь и рядом можно найти в рассуждениях даже маститых ученых. Главное – не ловиться на них, а смотреть “сухой остаток” в аргументации, чтобы не втягиваться в спор ради спора.

    • В.Юрковец говорит:

      Благодарю Вас, уважаемый Игорь Львович, за столь высокую оценку моих способностей, однако, Вашим куриным приёмом, смею заверить, я никогда не пользовался. Если найдёте хотя бы один пример – принесу извинения. Предпочитаю самую примитивную методологию – язык фактов. И именно потому, что в ней не требуется никакой виртуозности. Со своей стороны должен Вам заметить (никогда не делал этого ранее, но Вы сейчас вынудили), что припёртый фактами к стенке, Вы обычно прекращаете дискуссию в одностороннем порядке (“тихо линяете”), вместо того, чтобы честно признать, что были неправы. Пример на Переформате. Если разрешат хозяева, примеры могу умножить, начиная с Родства.ру, поскольку все разговоры с Вами я “складирую” по причине того, что все разговоры с Вами – настоящим профессионалом – чрезвычайно содержательны и зачастую приводят к новым открытиям, как в приведённом выше примере. Наши шероховатости не мешают мне относиться к Вам с глубокой дружеской симпатией. Я, например, никогда не забуду, как мы “сделали” наших польских коллег после их наезда на Вас с уважаемым Анатолием Алексеевичем, вызванным публикацией об “архаичной” ветви гаплогруппы А. Они тогда обвинили вас в вопиющем нарушении политкорректности за это определение – “архаичной”. Восклицали: “Клёсов и Рожанский смеют говорить о том, что в составе современного человечества присутствуют, цитирую, “примитивные ветви”. Мы тогда парировали: “Как вы смеете называть примитивными наших братьев в гапломире?!”. Поляки тогда перепугались своей оплошности настолько, что сами грохнули свой сайт и уже потом не возродились – так боялись возмущения “прогрессивного человечества”. Помните, как Вы тогда гордились нашей общей победой? Если забыли, тоже могу напомнить – у меня “всё записано”.

  • Anton говорит:

    >> Более того, у него (у его сотрудников) есть вся информация для того, чтобы извлечь оттуда десятки (а на самом деле сотни и тысячи) снипов и гаплотипы протяженностью в сотни маркеров. И они прекрасно знают, как их извлекать. Но им это не нужно, вот в чем проблема. Им не нужно, потому что поплывут их выводы, а это тем более не нужно.
     
    Spoštovani Anatolij Aleksejevič, to, kar ste napisali, je skoraj vse res. Popgenetiki ne bodo delali sami sebi v škodo. Moja misel je bila, ne da bi Vi dali Willerslevu podatke, temveč da bi on Vam dal celotne sekvence, ker Vi imate tako interes kot znanje, kako iz teh podatkov pridobiti koristne podatke. Lepo pozdravljeni!

    • Уважаемый профессор Пердих, Вы как член Академии ДНК-генеалогии мыслите масштабно. Вы предлагаете, чтобы я запросил у датского генетика, Эске Веллерслев, полную последовательность Y-хромосомы, и сам вытянул оттуда гаплогруппы-субклады и гаплотипы. Но Вы переоцениваете и меня, и мой компьютер. В Y-хромосоме 58 миллионов нуклеотидов, при такой работе специалисты оперируют файлами размерами в гигабайты, а то и в терабайты. Мой компьютер это не потянет. Но даже если бы я обзавелся специальным компьютером, то не хватило бы моих знаний. Понадобилось бы специально учиться. Но лучше пусть они делают свою работу, а я буду делать свою. Именно в этом было предложение объединить наши усилия. Но пока не получилось. Может, получится в будущем, и, возможно, не с ними, а с другими специалистами.

  • >> Те самые специалисты, кто щелкает BigY, как орешки, пишут, что из материалов секвенсирования древней ДНК, т.н. БАМ-файлов, очень сложно, а зачастую невозможно извлечь STR, особенно если речь идет о стандартных панелях.
     
    Уважаемый Игорь Львович, комментарий Ваш информативен, но он местами напоминает поговорку о том, что одни ищут причины, а другие ищут возможности. Вы написали о причинах, то есть о трудностях, но ни разу не упомянули, что гаплотипы, то есть STR, в ряде случаев были успешно определены. Если бы Вы подобные примеры упомянули, то комментарий читался бы не только информативнее, но и акценты были бы смещены – от пассивного к активному. Так вот, гаплотипы не определяют, потому что, как правило, не хотят определять. Да, конечно, бывают трудности, но где их не бывает? Бывает, что костные останки «пустые», ДНК давно разложилась. Но мы же не говорим, что работать с ископаемыми ДНК нельзя? Есть проблемы объективные, а есть субъективные, типа «да нам это не нужно».
     
    Напомню, что первая же ископаемая ДНК, из захоронения с датировкой 4600 лет назад (Eulau, Германия) дала гаплотипы, и не один, а для целой семьи. Видимо, авторы работы не прочитали Ваш комментарий, иначе и делать им расхотелось бы. Вот в чем проблема, когда перечисляют трудности, но не упоминают о том, когда трудности были бы решены. Именно преодоление трудностей дает стимул для продвижения вперед.
     
    Примеры определения гаплотипов из ископаемых ДНК можно приводить, и я напомню, что в нашей недавней работе по ДНК ископаемых хазар протестировали два захоронения, и в обоих были определены 20-маркерные гаплотипы, без пропусков. Авторы тоже, наверное, не знали, что это трудно, если не невозможно. Но спасло их, видимо, то, что никакого shotgun они не применяли, и «пробоины» друг на друга не накладывали, а делали по старинке, по хроматограммам и с праймерами. И все получилось. Правда, в третьем захоронении выделение ДНК не получилось, и они отнеслись к этому к нормальным понимание научных сотрудников.
     
    >> Читать материалы Валерия Павловича, как правило, интересно и познавательно, но вступать с автором в полемику никому не советую…
     
    Совет, прямо скажу, неважный. Вряд ли стоит (кажущиеся) личные неудовольствия в прошлом выставлять на публику, да еще в персональном виде, да еще в виде обобщений. Я же ведь чуть выше описал мои наблюдения от недавней полемики профессионала с Валерием Павловичем – «Тот тоже раз за разом выставляет свое мнение, а в очередном следующем комментарии извиняется, что там-то не подумал, там-то не учел, там-то не обосновал». Как видите, там нет «вывертов в завуалированной форме», там есть иллюстрации того, что оппонент плохо подготовился к дискуссии, и он сам пишет, что и этого не знал, и того не знал. Та дискуссия еще, возможно, не закончена, но уже ясно, что обе стороны узнали для себя немало нового. И в этом – смысл хороших, конструктивных дискуссий.

    • И. Рожанский говорит:

      >> он местами напоминает поговорку о том, что одни ищут причины, а другие ищут возможности.
       
      В данном случае я исходил из общения с одним из тех, кто профессионально занимается расшифровкой БАМ файлов по Y-хромосоме, и речь шла о конкретном гаплотипе, сильно “немотивированном” из-за низкого покрытия. Таких довольно много, но метод shotgun позволяет использовать их материал для геномного анализа, что ранее было невозможно. Многие образцы, впрочем, имеют достаточно хорошее качество, чтобы быть прочитанными, даже если в оригинальных публикациях они оставлены без отнесения, но данные их сиквенса выложены в открытых базах данных. Особенно активен в такой работе исследователь из Германии (или Швейцарии?), публикующийся под ником Genetiker.
       
      Однако ни Genetiker, ни его коллеги не занимаются реконструкцией гаплотипов, хотя при их квалификации это не составило бы большого труда. Это не входит в круг их интересов, потому что после внедрения теста BigY стало распространенным мнение, что STR вообще не нужны, если есть исчерпывавшие данные по снипам. Они явно горячатся, но факт остается фактом.
       
      Про стиль ведения дискуссии скажу, что я выхожу из нее, если вижу, что она начинает идти по кругу, а оппонентом движет желает не столько выяснить, где же истина, сколько “срезать”, как в одноименном рассказе В. Шукшина. Я не располагаю таким большим запасом времени, чтобы тратить его на подобные занятия.

  • Юрий ВК говорит:

    >> Избирательность действительно имела место. Космогенное мегацунами уничтожило только гигантов мегафауны.
     
    Избирательность мегацунами может доказывать только одно – никакого мегацунами не было. Ни один научный журнал, ни один настоящий ученый не воспримет всерьез эту фейковую гипотезу. И про Ладожскую астроблему тоже. Не понимаю, как Анатолий Алексеевич может верить этим гипотезам? Ну это как если бы мутации ДНК происходили избирательно только у человека, а у животных – нет. Не может мегацунами смыть только людей, а животных не тронуть, один пролив размыть – а остальные нет, некоторые острова передвинуть, а другие не трогать, в некоторых скалах насверлить пещер – а других и не коснуться. Никакой сплошной засоленности Антарктиды тоже не было.

    • В.Юрковец говорит:

      Юрий ВК написал в высшей степени содержательное сообщение. Мне теперь для того, чтобы ему обоснованно ответить, нужно повторить все соображения о двух ноевых ковчегах человечества, изложенные в статье о гидродинамическом карсте, послать мои статьи во все научные журналы и дождаться ответа, а также опросить всех настоящих учёных. И по Ладожской импактно-вулканической структуре тоже. Впрочем, по Ладожской ИВС у меня есть надежда на признание со стороны Юрия ВК моих выводов. Они опубликованы в журналах “Труды Всероссийского ежегодного семинара по экспериментальной минералогии, петрологии и геохимии” (ВЕСЭМПГ-2014, 2015, 2016), “Experiment in Geosciences” 20114, 2016, “Bulletin of Novosibirsk Computering Center. Series: Mathematical Modeling in Geophisics”, 18(2015), в том числе на английском и в соавторстве c настоящим учёным (можно считать таковым кандидата наук?). Всё выкладывать здесь не буду, дам только две ссылки. “Труды…” – ссылка (стр. 122). И “Experiment in Geosciences” (оглавление) – ссылка (третий автор сверху). В отношении космомегацунами Юрий ВК отчасти прав. Однако пока не все учёные опрошены, так что у меня ещё есть надежда.

    • Виктория В.С. говорит:

      Уважаемый Юрий ВК, не только у Вас, но у других тоже, прослеживается контекст, что вроде бы речь идет о том, что после мегацунами произойдет мгновенная однократная гибель. Такое тоже было – те, кто попал в зоны турбулентности погибли сразу. Но катастрофы планетарного масштаба имеют долговременное опять же планетарное влияние, на климат, к примеру. И всё, что от него зависит. Оставшиеся оказались в среде, которая требовала иных навыков жизнеобеспечения. Кто сбежал в правильном (!) направлении или кто удачно приспособился – те и продолжились в потомках. Но в любом случае сначала был длительный процесс деградации популяций. В этом смысле замечание Валерия Павловича имеет смыл – у “гигантов” меньше шансов выжить в такой период. В таком же точно смысле можно понимать ранее высказанное замечание Игоря Львовича про способность кошек к выживанию. Они в самом деле более способны к выживанию, чем человек того периода. Они намного раньше по времени начинают воспроизводиться и сразу в большем количестве. Их популяции на момент катастрофы могли просто многократно превышать популяции древних людей.

      • Уважаемая Виктория Викторовна, благодарю за чрезвычайно толковый комментарий. Да, скорее всего так и было, и «бутылочные горлышки» популяции не проходят одномоментно. На планете есть немало «убежищ», включая, например, глубокие пещеры. Не так давно было опубликовано исследование пещеры, которая имела в глубину (не вертикально вниз, а относительно горизонтально поверхности) почти 400 метров, и в ней была древняя стоянка людей, десятки тысяч лет назад. Далее, по данным В.П. Юрковца ударная волна мегацунами затухла на подходе к Европе, и европейские горы были, видимо, не затронуты, или затронуты минимально. В общем, есть немало функциональных исключений при самых разных катастрофах, и подходить к ним с мерками – «да или нет?» – это один из вариантов ОРО, оспаривания ради оспаривания. Ваш комментарий показывает, что Ваша «операционная система» мышления обладает перед такими неоспоримым преимуществом. Она – не формальная, а творческая. Большое дело, редкий дар даже для ученого.

  • >> Те самые специалисты, кто щелкает BigY, как орешки, пишут, что из материалов секвенсирования древней ДНК, т.н. БАМ-файлов, очень сложно, а зачастую невозможно извлечь STR, особенно если речь идет о стандартных панелях.
     
    >> Уважаемый Игорь Львович, комментарий Ваш информативен, но он местами напоминает поговорку о том, что одни ищут причины, а другие ищут возможности. Вы написали о причинах, то есть о трудностях, но ни разу не упомянули, что гаплотипы, то есть STR, в ряде случаев были успешно определены… Есть проблемы объективные, а есть субъективные, типа «да нам это не нужно».
     
    >> …ни Genetiker, ни его коллеги не занимаются реконструкцией гаплотипов, хотя при их квалификации это не составило бы большого труда. Это не входит в круг их интересов…
     
    Ну вот мы и пришли к единому мнению. Никакого «срезания» не было, и такой ответ вызывает недоумение. Речь с моей стороны была о том, что попгенетики не хотят определять гаплотипы (STRs) по геномным данным, что лишает их богатого и ценного материала, и обычно не только обесценивает их интерпретации, но и делает их неверными. Вы поделились информативным комментарием, в итоге сообщив, что извлечение гаплотипов из ископаемых ДНК «очень сложно, а зачастую невозможно». Я, напротив, дал позитивные примеры именно по ископаемым ДНК (про ДНК современников вопросов вообще нет, это накатанный вариант), и Вы согласились, что да, большого труда не составляет, но не входит в круг их интересов. О чем и шла речь с самого начала.
     
    Если среди читателей есть квалифицированные генетики, то хотелось бы обратить их внимание на то, что вопрос извлечения гаплотипов и субкладов из геномных данных в открытых базах остается актуальным, особенно в случае ископаемых гаплотипов. За рубежом специалисты такого уровня есть, тот же Genetiker, который пользуется в сети большой популярностью, но его деятельность односторонняя, как следует из комментария И.Л. Рожанского, гаплотипами он пренебрегает. В России эта ниша совершенно незаполнена, и ждет своих специалистов. Полагаю, даже при минимальных (начальных) успехах в данном направлении ожидается получение на это финансирования.

Подписывайтесь на Переформат:
 
Переформатные книжные новинки
     
Конкурс на звание столицы ДНК-генеалогии
Спасибо, Переформат!
  
Наши друзья